GATK环境配置步骤札记3---Ubuntu16.04安装和使用R、RStudio

从开始听GATK的培训会，就想要自己配置一个和GATK-Tutorial阿里云公共镜像一模一样的虚拟机环境。

然而，现实是旅馆的网速很不给力，回来之后沉迷于迫切需要完成的、令我头大的工作，也没有足够多的时间来完成这件事情。

嗯，其实还是自己有些懒了，嘿嘿，就很蠢，其实配置一下，对很迫切需要完成的工作还是有一定的好处的。

基础环境：还是那个镜像，Ubuntu16.04

-->1:安装R

sudo apt-get install r-base

-->2:安装R Studio

wget https://download1.rstudio.org/rstudio-1.0.136-amd64.deb

sudo apt-get install gdebi-core

sudo apt-get install libapparmor1

sudo gdebi rstudio-1.0.136-amd64.deb

-如果想要安装RStudio Server的话，可以继续进行如下的步骤：（愚蠢的我，后知后觉发现这个是我需要的）

-->3:安装RStudio Server

wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.0.136-amd64.deb

sudo gdebi rstudio-server-1.0.136-amd64.deb

初次安装后，会自动启动RStudio，如下图所示：

打开浏览器，键入127.0.0.1:8787

熟悉的界面就出现了的

如果后续想要继续打开这个界面的话，可以键入如下命令：

rstudio-server start

-->4:尝试安装一些包

install.packages('proto')

如果报错，提示package 'proto' is not available(for R version *.*.*)的话，可以尝试如下的解决方式：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("proto")