NTFS是Windows NT以及之后的Windows 2000、Windows XP、Windows Server 2003、Windows Server 2008、Windows Vista和Windows 7的标准文件系统。NTFS取代了文件分配表（FAT）文件系统，为Microsoft的Windows系列操作系统提供文件系统。NTFS对FAT和HPFS（高性能文件系统）作了若干改进，例如，支持元数据，并且使用了高级数据结构，以便于改善性能、可靠性和磁盘空间利用率，并提供了若干附加扩展功能，如访问控制列表（ACL）和文件系统日志。该文件系统的详细定义属于商业秘密 ，但 Microsoft 已经将其注册为 知识产权产品。
FAT32就可以了,还可以自检,修复文件.
-- FAT格式的优点
●支持长达255个字符的长文件名
●文件名中可以有多个空格符
●文件名中可以有多个句点分隔符
●文件名中不区分大小写，但保持大小写
总之FAT文件系统对较小的分区来说是相当好的选择，由于FAT需要较少的系统开销，因此对于小分区而言效率也是很高的。还要声明的一点是在DOS操作系统下必须使用FAT的文件系统，而且对于Windows系统下的双重引导来说这种选择也是必须的。
-- NTFS格式的优点
●支持长文件名：NTFS支持长达255个字符的文件名。
●保持大小写：NTFS在文件命名中是不区分大小写的，但确实承诺保持大小写。
●恢复能力：NTFS是一个可恢复的文件系统，它使用事物处理登记来记录所有的文件或目录更新，在突然断电或系统失效时这些信息可以用来重新完成失败的操作。
●安全性：NTFS文件系统提供对本地文件和目录的保护。
●分区大小：NTFS相对FTT32而言支持更大的分区，NTFS支持的分区尺寸最大可达2的64次方
·在NTFS分区上，可以为共享资源、文件夹以及文件设置访问许可权限。许可的设置包括两方面的内容：一是允许哪些组或用户对文件夹、文件和共享资源进行访问；二是获得访问许可的组或用户可以进行什么级别的访问。访问许可权限的设置不但适用于本地计算机的用户,同样也应用于通过网络的共享文件夹对文件进行访问的网络用户。与FAT32文件系统下对文件夹或文件进行访问相比，安全性要高得多。另外，在采用NTFS格式的Win 2000中,应用审核策略可以对文件夹、文件以及活动目录对象进行审核，审核结果记录在安全日志中，通过安全日志就可以查看哪些组或用户对文件夹、文件或活动目录对象进行了什么级别的操作，从而发现系统可能面临的非法访问，通过采取相应的措施，将这种安全隐患减到最低。这些在FAT32文件系统下,是不能实现的。