配置NDK环境变量
1、 首先找到cygwin的安装目录，找到一个home\<你的用户名>\.bash_profile文件，我的是：E:\cygwin\home\Administrator\.bash_profile，(注意：我安装的时候我的home文件夹下面神马都没有，解决 的办法：首先打开环境变量，把里面的用户变量中的HOME变量删掉，在E:\cygwin\home文件夹下建立名为Administrator的文件夹（是用户名），然后把E:\cygwin\etc\skel\.bash_profile拷贝到该文件夹下)。
2、 打开bash_profile文件，添加NDK=/cygdrive/<你的盘符>/<android ndk 目录> 例 如：NDK=/cygdrive/e/android-ndk-r5
export NDK
NDK这个名字是随便取的，为了方面以后使用方便，选个简短的名字，然后保存
3、打开cygwin，输入cd $NDK，如果输出上面配置的/cygdrive/e/android-ndk-r5信息，则表明环境变量设置成功了。
配置C/C++的编译器
(建议先用命令行编译,然后再研究google ndk samples 里边的例子, 然后再研究傻瓜式的编译)
1、 打开eclipse，导入ndk自带的hello-jni例子，右键单击项目名称，点击Properties，弹出配置界面，之后再点击Builders，弹出项目的编译工具列表，之后点击New，新添加一个编译器，点击后出现添加界面，选择Program，点击OK
2、 出现了添加界面，首先给编译配置起个名字，如：C_Builder
设置Location为<你cygwin安装路径>\bin\bash.exe程序，例如：E:\cygwin\bin\bash.exe，设置Working Directory为<你cygwin安装路径>\bin目录，例如：E:\cygwin\bin
设置Arguments为
--login -c "cd /cygdrive/e/android-ndk-r5/samples/hello-jni && $NDK/ndk-build"(不能改动的,--login –c 是神马意思我也不懂)
上面的配置中/cygdrive/e/android-ndk-r5/samples/hello-jni是你当前要编译的程序的目录，$NDK是之前配置 的ndk的环境变量，这两个根据你具体的安装目录进行配置，其他的不用变，Arguments这串参数实际是 给bash.exe命令行程序传参数，进入要编译的程序目录，然后运行ndk-build编译程序
3、 接着切换到Refresh选项卡，给Refresh resources upon completion打上钩
4、 然后切换到Build Options选项卡，勾选上最后三项
5、 之后点击Specify Resources按钮，选择资源目录，勾选你的项目目录即可
6、 最后点击Finish，点击OK一路把刚才的配置都保存下来，注意：如果你配置的编译器在其它编译器下边，记得一定要点Up按钮，把它排到第一位，否则C代码的编译晚于Java代码的编译，会造成你的C代码要编译两次才能看到最新的修改
7、 这一路下来肯定很累了吧，现在再次恭喜你，编译配置也配置完成啦，现在来测试一下是否可以自动编译呢，打开项目jni目录里的hello-jni.c文件把提示Hello from JNI!改成其他的文字：如：Hello，My name is alex.，然后再模拟器中运行你的程序，如果模拟器中显示了你最新修改的文字，那么Congratulations！你已经全部配置成功啦！