数据质控软件sickel的安装与使用

sickel使用滑窗，连同碱基质量和长度阈值，到窗口的平均质量超过阈值把他作为5'末端，直到窗口中平均质量低于阈值，作为3'  若此时长度小于指定长度阈值，则丢弃这条reads

• 安装
  

1.  wget  https://github.com/najoshi/sickle/archive/master.zip
2. unzip后进入目录
3. make  ###哇头一次安装软件那么简单
   
4. 在 .bashrc中 alias sickle='your path/sickel'
   

• 使用 以PE为例

sickle pe [options] -f <paired-end forward fastq file> -r <paired-end reverse fastq file> -t <quality type> -o <trimmed PE forward file> -p <trimmed PE reverse file> -s <trimmed singles file>

以上是输入与输出，

还有-t 输入质量类型 是solexa (CASAVA < 1.3), illumina (CASAVA 1.3 to 1.7), sanger (which is CASAVA >= 1.8)其中之一

-q window的平均质量低于这个值会被trim掉，默认20

-l reads低于这个数值会被trim掉

-g 输出文件会被gzip

-quiet 不输出trimming 信息