-->关于要不要使用samtools来进行格式转换
在https://github.com/gatk-workflows/seq-format-conversion中指出,希望使用seq-format-conversion来代替使用samtools进行格式转换。
理由有如下两点:
1.Samtools1.3由于在包中含有老版本的htslib,导致会生成不正确的bins
2.Samtools1.4和1.5有一个NM的问题,以至于无法和Picard一起有效使用
-->gatk4.0在使用给定实例的时候,需要预先安装有cromwell
cromwell的版本要求可能会有所不同,一些给出的gatk4.0的实例中对cromwell的使用版本号具有一定的要求