Android下有三个地方涉及到包名：工程包名、AndroidMainfest文件中包名以及gradle文件中的applicationId所指的包名。需要注意的是工程包名可以和另外两种包名不同。
Eclipse时代AndroidManifest文件中的包名兼具了App的唯一标识符和App资源（R文件）引用包名的双重功能；Android Studio时代做到了这两个功能的分离：即AndroidManifest文件中包名起到App资源（R文件）引用包名的作用，applicationId所指的包名起到App的唯一标识符的作用，此时复制项目仅需要修改applicationId所指的包名即可，但是经本人测试有一种特例如下：
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<selector xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android" xmlns:settings="http://schemas.android.com/apk/res/com.sty.original.packagename">
<item settings:state_encrypted="true" android:drawable="@drawable/wifi_signal_lock" />
<item settings:state_encrypted="false" android:drawable="@drawable/wifi_signal_open" />
</selector>此特例 xmln:settings中的尾缀（com.sty.original.packagename）若不修改为修改后的applicationId（com.sty.changed. packagename）,则编译会报错，此种情况不知何故，若有大神知道请不吝赐教。
言归正传，切入主题，下面讨论三种包名的修改方法：
1、修改工程包名
a. 修改最外层包名
修改方法如图：
b. 修改中间层包名
首先点击下图中的设置按钮，点击去掉 Hide empty middle packages中的对勾（合并空包时点击 compact empty middle packages），然后按照a的步骤找到要修改的中间包名操作即可。
2、AndroidMainfest文件中包名
进入 Androidmanifest.xml 文件，找到 package 名称，选中需要修改的部分。
比如原包名为 com.sty.android, 如果需要修改中间的 sty ，那么我们就选中 sty ,
依次进行 右键 - > Refactor -> Rename , (Mac 快捷键为 fn + shift+F6)
然后选择 Rename package , 输入要修改目标的名称 ，直接点击 Refactor , 左下方继续点击 Do Refactor , 等待修改成功~！
3、修改applicationId所指的包名
直接修改即可。
本文参考：http://blog.csdn.net/lv_fq/article/details/51874181，在此表示感谢！