原创： hxj7
生信常用的编程语言
大家都知道，从事生信工作，除了要有生物学基础之外，最重要的就是编程技巧了。生信领域使用的最广泛的编程语言是shell（涉及sed、awk等常用文本处理工具）、perl、python以及R了。一些算法开发人员还会使用诸如C、C++、Java等语言来增强性能。
perl or python？
对生信人员而言，熟练掌握shell可以应付日常工作中很多琐碎的、重复的文本处理、系统管理等任务。如果遇到一些较复杂的任务，则需要使用更高级一点的编程语言处理，如perl和python。perl和python很相似，都是解释性语言，不用预先编译；和C相比，上述二者的语法简单，且自带一些高级数据结构，所以用它们来实现编程想法比较快速。
perl和python到底该学哪个，一直以来都备受争议。就我自己的经验而言，如果有C的基础，学习perl和python的语法都很容易。由于早期的生信人员多用perl，所以我接触到的很多生信前辈都会使用perl，很多早期的生信分析工具也是perl编写的，如果你要用到它们，不懂一点perl还真不成。python呢，是明日之星，在生信领域正变得越来越火热，大概也和近几年python在web后端、人工智能等领域的炙手可热有关系。
我的python经验
就我自己而言，我有C的基础，后来学的python，一下子就被其简洁优美所吸引，以至于后来领导让我学perl，我一直都拖着没学好。我接触python快五年了，逐渐认识到python的确在许多计算机领域都很受欢迎，社区支持很好，各种新的包层出不穷。我将自己学习python一路以来鼓捣的部分东西分享在下面：
自制的豆瓣桌面客户端
豆瓣FM是我一直以来听歌的首选（直到网易云音乐的出现），所以我自己写了一个Linux下的豆瓣桌面客户端。这个花费了我一个星期的时间，用到了简单的爬虫以及PyQt模块。这个小项目让我领略到用python实现爬虫那叫一个快。
获取WEP路由器密码
有一段时间我对网络协议很感兴趣，自以为搞清楚了TCP、UDP，就想学人家黑客去遨游网络，结果当然是铩羽而归。不过，偶然的机会让我发现了scapy，这是一个python模块，可以用来模拟发包，我最终还是用这个小玩意去把隔壁宿舍的路由器密码给拿到了（谁让他们还用WEP协议呢~）。
web服务器来控制树莓派
不得不说，前几年我还真是爱折腾，看到树莓派的新闻，觉得好玩就买了一个。好在树莓派天生就支持python，所以没费多少工夫，我学着网上的教程装了一个摄像头模块，可以远程监控宿舍。可是放长假回家就连不上了，把我急的呀，返校后赶紧google找资料，最后用新浪云基于web2py实现了一个简单的web后台，这样就可以用手机在家控制宿舍里的树莓派了。后来新浪云的免费额度用完了，我也就把树莓派雪藏了。我还真是三分钟热度，汗！
我的分享就到这，有点啰嗦哈。perl和python二者到底用哪个，我觉得是一个见仁见智的事情，如果你拿不定主意，想了解更多意见，可以看看这个帖子，李恒大神也在里面发言了~
https://www.biostars.org/p/135999/
至于R这个统计分析的利器，限于篇幅，我会在以后的文章中再说。
（公众号: 生信了）
