医疗行业的一个特点就是会产生很多数据，所以利用大数据方面的技术来实现行业的变革是一个早就被提出来的课题。这些年来大数据医疗正在蓬勃发展，但是也面临了很多挑战。
大数据医疗主要面临着以下四个挑战：
第一，数据来源的挑战。大数据的来源是多元的，质量是不受控制的，有些数据是拿来也不可用的，比如：不可及的碎片化数据，可及但又是错误的数据，可及、正确但是残缺、无法修补的数据；
第二，数据治理的挑战。没有新的数据治理方式，解决不了数据共享问题。现在是社会化的数据采集、分享方式。原有的自给自足的数据治理方式，必须采用新的数据治理方式；
第三，数据分析能力的挑战。最近几年，算法进步，并行计算能力进步很快。信息中心更多是学计算机的人，缺少统计分析、流行病学、医学的人；
第四，组织能力的挑战。大数据应用需要团队协同，除去技术、数据来源，最重要的还是组织问题。要挖掘大数据的价值，需要掌握不同的技术、学科、专业的人。需要不同专业的人去去学习，特别是各种学科边界上的接口人才、组织管理人才，包括数据科学家、业务专家、决策者、IT工程师等。
相信随着技术的发展和人才的培养，大数据医疗所面临的问题将会被一一解决，在不远的未来，我们就能享受到大数据医疗带给我们的便利。