由于嵌入式系统自身存在一些特殊要求，使得一些传统的文件系统(如FAT、EXT2等) 并不十分适合。
专用的嵌入式文件系统应有一些自身的特性，如文件系统面对的储存介质特殊性、文件系统应具有的跨平台的安全性，以及整个系统的即时性等。
1. JFFS2是一种较早的Flash专用文件系统。目前已有很多JFFS2应用于μClinux以及嵌入式Linux的例子。事
实上，它已经成为新版Linux中的一种标准文件系统。
同时它对NOR Flash和NAND Flash提供支援，针对两种Flash设备共同的特性，提供掉电保护和损耗平衡等
功能，可供用户读写，十分适合于同时用到这两种Flash设备的嵌入式系统。
JFFS2 的优缺点如下：
优点：
使用了压缩的文件格式。最重要的特性是可读写操作。
缺点：
JFFS2 文件系统挂载时需要扫描整个 JFFS2 文件系统，因此当 JFFS2 文件系统分区增大时，挂载时间也会相应的变长。
使用 JFFS2 格式可能带来少量的 Flash 空间的浪费。这主要是由于日志文件的过度开销和用于回收系统的无用存储单元，
浪费的空间大小大致是若干个数据段。 JFFS2 的另一缺点是当文件系统已满或接近满时， JFFS2 运行速度会迅速降低。这是因为垃圾收集的问题。
2. YAFFS2是专为NAND Flash设计的文件系统，它充分考虑了NAND Flash设备的特性，支援ECC校验，提
供掉电保护和损耗平衡功能，运行和挂载速度都比JFFS2要快。它支援作业系统广泛，包括常见的嵌入
式Linux、WinCE、μClinux。由于它提供Direct界面，因此稍加修改也可使用在没有作业系统的嵌入式
系统中。目前，被广泛应用于使用NAND Flash作为储存设备的嵌入式系统中。
yaffs/yaffs2 的优缺点如下：
优点:
专门针对 NAND Flash，软件结构得到优化，速度快。
使用硬件的 spare area 区域存储文件组织信息，启动时只需扫描组织信息，启动比较快。
采用多策略垃圾回收算法，能够提高垃圾回收的效率和公平性，达到损耗平衡的目的。
缺点:
没有采用压缩的文件格式。当包含的内容相同时， yaffs2 镜像文件要比 jffs2 镜像文件大。