Eclipse将web工程打成jar包很容易，但要将java工程打成jar包，不会自动引入第三方的jar文件。可以安装插件FatJar。
下载地址http://sourceforge.net/projects/fjep/files/fatjar/fatjar_0_0_31/
将解压后的net.sf.fjep.fatjar_0.0.31.jar复制到eclipse的plugins目录
重启eclipse
选择工程，右键"Export"。在Other下可以找到"Fat Jar Exporter"选项。
"Next"，选择工程。可以选择jar包导出的路径和名称。选择Main-Class，这样启动jar包就知道运行哪个类。
"Next"，选择要将哪些内容打入jar包，包括class和配置文件以及第三方的jar包。
最后finish，jar包完成。