按照同事的要求，安装 v93.4
1、软件下载，gitlab中下载软件一定是到 release中找指定的版本下载，不能直接下载master中的版本，因为master中是开发版本，可能不稳定，只有master开发到一个成熟的阶段后，才会发布一个新版本，放到 releases中，如下图 VEP已经有了111个版本了。
https://github.com/Ensembl/ensembl-vep/releases
实际在网页上直接下载压缩包时遇到了点问题，怎么也下载不下来，然后就到服务器上用git命令来clone了，具体命令：
git clone https://github.com/Ensembl/ensembl-vep.git
clone之后默认时master中的代码，用 git tag 可以看到所有的版本号，找到本次的版本： release/93.4 ，然后切换到该tag版本的代码：
git checkout -b 93.4 release/93.4 ，这个时候版本就切换到了93.4 ，如果怕不是当前版本，可以通过看log核实一下：
先看本地的log 最后一次提交：
去网页上看这个版本最后一次代码提交对应的标记，如下图的：4143fcd 与我们上图中最后一次提交的标记前7位是一样的（前7位一样基本就能判断是一致的了），说明版本没有问题了。
2、数据库下载，同样按照要求下载指定版本的数据库，下载 GRCh37 版本的3个文件，文件比较大，所以只能放到集群上去下载了，
http://ftp.ensembl.org/pub/release-93/variation/VEP/
使用命令，添加-c 是为了断点续传，下载过程中断了好几次，所以每天需要看一下，下载了5天终于全部下载完成:
wget -c http://ftp.ensembl.org/pub/release-93/variation/VEP/homo_sapiens_vep_93_GRCh37.tar.gz
参考基因组用的是这个版本： ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa.gz ，下载解压后放到文件夹：$vep_database/homo_sapiens_refseq/93_GRCh37 ，需要创建索引 fai 和index 文件，这几个是直接从集群上找到的，所以没有具体操作。
3、数据库格式转换
可以在软件目录下创建两个文件夹 ：vep_database 放数据库（然后解压） ，vep_install 这个放安装过程中的软件包
然后把这两个路径添加到环境变量中：
export VEP_PATH=/share/user1/software/ensembl-vep-release-93.4/vep_install
export VEP_DATA=/share/user1/software/ensembl-vep-release-93.4/vep_database
export PATH=$VEP_PATH/htslib:$PATH
export PERL5LIB=$VEP_PATH:$PERL5LIB
用这个命令对数据库进行格式转换，因为数据库比较大，所以放后台让他跑去吧：
nohup perl convert_cache.pl --species homo_sapiens --version 93_GRCh37 --dir $VEP_DATA --force_overwrite &
4、软件安装，这个需要服务器可以连外网，因为要下载一些包，安装命令很简单：
perl INSTALL.pl -h 用这个查看安装时每个参数的含义，我用到了以下几个红框框住的参数：
perl INSTALL.pl -n -s homo_sapiens --ASSEMBLY GRCh37 -d $VEP_PATH -c $VEP_DATA
安装过程中经常会报错，所以最好找个网络好的时间安装，比方说早上八九点，网络不好报的错误大概如下，报这个错误之后，就重新开个中断，重新安装，多试几次，最后应该可以成功。
curl failed (000), trying to fetch using LWP::Simple
LWP::Simple failed (500), trying to fetch using HTTP::Tiny
ERROR: Failed last resort of using HTTP::Tiny to download https://raw.githubusercontent.com
这过程中会安装BioPerl、biodbhts、htslib 到 $vep_install 目录中，还有VEP的API，会安装到 $vep_install/Bio/EnsEMBL 中，安装过程中观察到了这几个包的大小：
6.9M ensembl.zip
12M release-1-6-924.zip # 这个是 BioPerl
ensembl-io 这个比较小，没有看到
OK ，大功告成，给同事使用吧。