JavaSE
JavaSE:通常是指Java Standard Edition, Java标准版,就是-般Java程序的开发都可以(如桌面程序)，可以看作是JavaEE的子集。它允许开发和部署在桌面、服务器、嵌入式环境和实施环境中使用的Java应用程序。JavaSE 包括支持Java Web服务开发的类 ，并为Java Platform,EnterpriseEdition(Java EE)提供基础。
JavaEE
JavaEE: Java Enterprise Edition, Java企业版，多用于企业级开发，包括web开发等等。企业版本帮助开发和部署可移植、健壮、可伸缩切安全的服务端Java应用。Java EE是在JavaSE的基础上构建的他提供Web服务、组建模型、管理和通信API.可以用来实现企业级的面向服务体系结构(service-oriented architecture,SOA)和web2.0应用程序。
简单点说，
javaEE是用来做网站的
javaSE是针对桌面程序开发的。
javaSE包含了基本语法，是Java的基础。是跟桌面应用程序开发相关的类库。
javaEE也包含基本语法，是Java的扩展。是开发Web应用程序的类库。