对给定数据集分别实现K-means聚类、dbscan聚类以及agnes聚类

数据集
提取码：hgsr

1.K-means聚类

这个前面已经做过了，具体见：机器学习之K_means（附简单手写代码）
代码：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

#np.random.seed(300)
x=np.random.rand(200)*15    #产生要聚类的数据点，(0,15)之间
y=np.random.rand(200)*15

center_x=[]    #存放聚类中心坐标
center_y=[]
result_x=[]    #存放每次迭代后每一小类的坐标
result_y=[]

number_cluster=4   #簇数
time=50   #迭代次数

color=['red','blue','black','orange']

for i in range(number_cluster):  # 随机生成中心
    result_x.append([])      #顺便初始化存放聚类结果的列表
    result_y.append([])
    x1 = np.random.choice(x)  #为了避免出现聚类后有的簇一个点也没有，
    y1 = np.random.choice(y)  #干脆就以某一个数据点为中心
    if x1 not in center_x and y1 not in center_y:
        center_x.append(x1)
        center_y.append(y1)

plt.scatter(x,y)  #画出数据图
plt.title('init plot')
plt.show()

def K_means():
    for t in range(time):
        for i in range(len(x)):
            distance = []   #存放每个点到各中心的距离
            for j in range(len(center_x)):
                k = (center_x[j] - x[i]) ** 2 + (center_y[j] - y[i]) ** 2  #距离
                distance.append([k])
            result_x[distance.index(min(distance))].append(x[i])  #聚类
            result_y[distance.index(min(distance))].append(y[i])
        plt.title('iterations:'+str(t+1))
        for i in range(number_cluster):
            plt.scatter(result_x[i], result_y[i], c=color[i])
        plt.show()

        # 更新位置
        center_x.clear()
        center_y.clear()
        for i in range(number_cluster):
            ave_x = np.mean(result_x[i])
            ave_y = np.mean(result_y[i])
            center_x.append(ave_x)
            center_y.append(ave_y)


if __name__=='__main__':
    K_means()

2.dbscan聚类

初始设定两个值：minPts以及半径r
一些基本概念：

• 核心对象：若一个点的r邻域内点的个数大于等于minPts，我们就称该点为一个核心对象
• $\varepsilon-领域$的距离阈值：r
• 直接密度可达：若某点p在核心点q的邻域内，则称p-q直接可达
• 密度可达：若有一个点序列：q0,q1,q2,…,qk，对序列里任意两个相邻的点都是直接可达的，则称从q0到qk密度可达

基本流程：

1. 任意选择一个未被访问的点p，并将该点标记为已访问
2. 如果p的邻域内点的个数大于mminPts（核心对象），则初始化一个簇C，将p以及p领域内的点加入到C中
3. 遍历C中每个点，如果有未被访问的，将其标记为已访问。如果该点也是核心对象，则同样将该点邻域内的点加入到C中
4. 重复步骤3直到C中不再存在没被访问的核心对象，将簇C加入到一个集合final中
5. 重复步骤1234直到没有核心点未被标记，剩余的点标记为噪声点。
6. 输出final与噪声点

代码：

import matplotlib.pyplot as plt

minPts = 5   #最小个数
epsilon = 1.0  #半径

color = ['red', 'black', 'blue', 'orange']
visited = []
C = []  #保存最终的聚类结果
noise = []  #噪声点

x = []
y = []
data = open('聚类数据集/dataset.txt')
for line in data.readlines():
    x.append(float(line.strip().split('\t')[0]))
    y.append(float(line.strip().split('\t')[1]))

for i in range(len(x)):    #初始化标记数组
    visited.append(False)

def judge():         #判断是否还存在核心点未被标记
    for i in range(len(x)):
        if visited[i]:
            continue
        cnt, lis = countObject(x, y, i)
        if cnt >= minPts:
            return True
    return False

def select():    #选择一个没被标记的点
    for i in range(len(visited)):
        if not visited[i]:
            return i
    return -1

def countObject(x, y, p):   #计算点p邻域的内点的个数
    cnt = 0
    lis = []
    for i in range(len(x)):
        if i == p:
            continue
        if (x[i] - x[p]) ** 2 +(y[i] - y[p]) ** 2 <= epsilon ** 2:
            cnt += 1
            lis.append(i)
    return cnt, lis

def check(c):
    for i in c:
        if visited[i]:
            continue
        cnt, lis = countObject(x,y , i)
        if cnt >= minPts:
            return True
    return False

def dbscan():
    while judge():     #判断是否还存在核心点未被标记
        p = select()  #选择一个没被访问的点
        visited[p] = True
        cnt, lis = countObject(x, y, p)
        if cnt >= minPts:
            c = []
            c.append(p)
            for i in lis:
                c.append(i)
            while(check(c)):   #至少有一个点没被访问且该点领域内至少minPts个点
                for i in c:
                    if not visited[i]:
                        visited[i] = True
                        cnt1, lis1 = countObject(x, y, i)
                        if cnt >= minPts:
                            for j in lis1:
                                c.append(j)
            C.append(c)
    for i in range(len(visited)):
        if not visited[i]:
            noise.append(i)

    return C


if __name__ == '__main__':
    cluster = dbscan()
    X = []
    Y = []
    for i in noise:
        X.append(x[i])
        Y.append(y[i])
    plt.scatter(X, Y, c='m', marker='D')  # 噪声点
    plt.legend(['noise'])

    for i in range(len(cluster)):
        X = []
        Y = []
        for j in cluster[i]:
            X.append(x[j])
            Y.append(y[j])
        plt.scatter(X, Y, c=color[i], alpha=1, s=50)
        plt.title('dbscan')
        
    plt.show()

3.agnes

agnes是一种采用自底向上聚合策略的层次聚类算法。思路也很简单：

1. 最开始每一个点都是一个单独的簇
2. 算出所有簇之间的两两距离，选择距离最短的两个簇进行合并
3. 重复步骤2直到簇的个数减小到我们指定的数目

一个问题：怎么计算两个簇之间的距离？其实就是计算两个簇之间所有点的两两距离，最后取平均值。
代码：

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

cluster_Num = 4
color = ['red', 'black', 'blue', 'orange']
C = []
x = []
y = []
data = open('聚类数据集/dataset.txt')
for line in data.readlines():
    x.append(float(line.strip().split('\t')[0]))
    y.append(float(line.strip().split('\t')[1]))

for i in range(len(x)):
    C.append([i])



def distance(Ci, Cj):    #计算两个簇之间的距离
    dis = []
    for i in Ci:
        for j in Cj:
            dis.append(np.sqrt((x[i] - x[j]) ** 2 + (y[i] - y[j]) ** 2))
    dis = list(set(dis))
    return np.mean(dis)   #平均距离

def find_Two_cluster():
    temp = []
    for i in range(len(C)):
        for j in range(i+1, len(C)):
            dis = distance(C[i], C[j])
            temp.append([i, j, dis])

    temp = sorted(temp, key=lambda x:x[2])
    return temp[0][0], temp[0][1]


def agnes():
    global C
    while len(C) > cluster_Num:
        i, j =find_Two_cluster()
        merge = C[i] + C[j]
        C = [C[t] for t in range(len(C)) if t != i and t != j]
        C.append(merge)

    for i in range(len(C)):
        X = []
        Y = []
        for j in range(len(C[i])):
            X.append(x[C[i][j]])
            Y.append(y[C[i][j]])
        plt.scatter(X, Y, c=color[i])

    plt.legend(['C1', 'C2', 'C3', 'C4'])
    plt.title('agnes')

    plt.show()


if __name__ == '__main__':
    agnes()