文件系统
首先注意：文件系统对应的是分区，而不是硬盘格式。
举个通俗的比喻，一块硬盘就像一个块空地，文件就像不同的材料，我们首先得在空地上建起仓库(分区)，并且指定好(格式化)仓库对材料的管理规范(文件系统)，这样才能将材料运进仓库保管。
文件不会受所在分区的文件系统影响，就像同样是汽车轮胎在A仓库可能直接堆在地上，而B仓库则会挂在墙上，仅仅是放置和管理方法不同而已，因此，在NTFS分区和FAT32分区的文件可以随意在分区间移动，内容不会因此产生任何不同。
文件系统，是系统对文件的存放排列方式。不同格式的文件系统关系到数据是如何在磁盘进行存储，文件名、文件权限和其他属性也存在不同。一块没有被格式化过的硬盘，可以比喻成一间没有摆放商品的超市大卖场，在摆放商品 之前，总要先按商品类别分好区域，并安装好货架吧。磁盘的分区、格式化操作就相当于超市大卖场的划分商品区域和安装货架了。Windows操作系统支持 FAT32, NTFS, exFAT三种不同文件系统。
①FAT32是一种相对老旧的文件系统，不能像NTFS格式支持很多现代文件格式的属性，但对于不同系统平台具有良好的兼容性，可以在Linux、Mac或Android系统平台上通用。
②NTFS是目前Windows系统中一种现代文件系统，目前使用最广泛，内置的硬盘大多数都是NTFS格式。
③exFAT是FAT32文件格式的替代品，是Microsoft在Windows Embeded 5.0以上（包括Windows CE 5.0、6.0、 Windows Mobile5、6、6.1）中引入的一种适合于闪存的文件系统，为了解决FAT32等不支持4G及其更大的文件而推出。很多设备和操作系统都支持该文件系统，但是目前用的不多。
1. FAT32
通常U盘基本都是FAT32格式的，只是它的兼容性比较好一些，几乎目前所有的主流系统对该格式进行读写，但是它的安全性不高，不能设置权限，磁盘的利用效率也比较低，关键是对单个文件容量有所限制，拷贝大小不能超过4GB容量，而文件名称长度也不能超过255字符。由于U盘的容量越来越大，不建议FAT32格式。
我们在拷贝文件的时候，如果文件容量超过了4GB容量大小，那么系统就会提示“文件过大”的提示，无法完成拷贝的情况。
它的优点是：兼容性好。在一个不超过8GB 的分区中，FAT32分区格式的每个簇容量都固定为4KB，与FAT16相比，可以大大地减少磁盘的浪费，提高磁盘利用率。
它的缺点是：当文件删除后写入新资料，FAT不会将档案整理成完整片段再写入，长期使用后会使档案资料变得逐渐分散，而减慢了读写速度。硬盘碎片整理是一种解决方法，但必须经常整理来保持FAT文件系统的效率。还有就是FAT32分区因为设计缺陷,无法支持超过4GB的单个文件，不支持512MB以下容量的U盘。
2. NTFS
NTFS目前是使用最为广泛的分区类型，我们可以进行设置权限，并且比Fat32多出许多功能，并且在安全性和易用性、稳定性方面出色。它是由Win 2000之后开始普及，如今发展到现在NTFS最大支持256TB（MBR），而GPT分区下更是最大支持128EB。
目前大多数的电脑硬盘都是使用NTFS，我们在分区的时候建议首选NTFS分区类型，U盘不建议使用NTFS，会大幅度缩短寿命。
由于NTFS分区类型是微软公司的专利，因此对于Mac用户或多或少有点小麻烦，MAC用户需要借助第三方软件才可以写入NTFS文件系统，所以如果考虑多平台的用户，我们更加推荐exFAT格式。
它的优点是：兼容性好。ntfs格式最大的优点是可以支持4G以上至2T的文件进行传输，在传输速度上它也有着较为明显的优势。
它的缺点是：NTFS虽然有诸多优点，但这些都是针对传统机械硬盘而设计的，对于新兴的Flash 闪存材料不一定适用。NTFS分区是采用“日志式”的文件系统，因为要记录磁盘的详细读写操作，对U盘这种闪存储介质会造成较大的负担，比如同样存取一个 文件或目录，在NTFS系统上的读写次数就会比FAT32来得多，理论上NTFS格式的U盘比较容易损坏，而且400MB以下的分区也比FAT16更浪费空间。ntfs的缺点主要表现在，会缩短闪存寿命，经常使用格式化、初始化u盘后会使得u盘读取缓慢的现象。
(反正U盘超便宜，不怕坏的朋友们使用NTFS其实挺好)
3. exFAT
exFAT也可以叫做FAT64，主要针对移动存储设备，比如闪存、U盘等。从Windows CE6之后就出现了，它解决了FAT32不支持4G以上大容量文件的问题，直接最大支持16EB（目前256GB），而Windows与Mac均可适用，还有十分强的跨平台能力。是微软专为闪存（U盘、存储卡）闪存设备设计的文件系统，兼容性非常好。建议U盘等移动设备首选。因为FAT32格式单个文件不能超过4G，使用NTFS格式又容易损坏闪存芯片，所以才开发EXFAT格式来解决这些问题。
它的优点是：增强台式电脑与移动设备的相互操作能力；单文件大小最大可达16EB ;簇大小可高达32MB，同一目录下最大文件数可达65 536个；支持访问控制。
它的缺点是：专为闪存和U盘设计，空间浪费小。exFAT兼容性相对较差，在xp系统中经常无法识别，在win7和win8系统中问题就不大。
4.1 FAT32与exFAT的区别
大多数优盘在格式化时选用FAT32为默认文件系统，它最大优点就是在一个不超过8GB 的分区中，FAT32分区格式的每个簇容量都固定为4KB，与前代相比可以大大地减少磁盘的浪费，提高磁盘利用率。
虽然对于最大分区容量的支持上面，FAT32 2TB最大分区的容量时至今日仍不过时，但FAT32无法传输并存放超过4GB容量的光盘ISO镜像、高清视频、各种图形作品文件等等，这是其致命的弊端。
再来说说exFAT格式，exFAT文件系统在苹果本或者是Windows电脑上都可以格式化，并且在两个系统之间可以互相无障碍使用。相比之下，exFAT格式就没有4GB文件传输限制了。
其实FAT32与exFAT格式存在着一个升级关系，这两种文件系统都支持OS X系统与Windows系统，如果你将优盘格式化成这两种文件系统，在不同操作系统电脑上可以畅通无阻地使用。
FAT32与exFAT之间最大的差别在于能否支持4GB及以上容量单个文件的传输、查看与编辑。
4.2 NTFS与FAT的区别
除了FAT文件系统以外，NTFS文件系统也是相当流行的，但多见于硬盘分区。XP、Vista、Win7默认都会将分区格式化为NTFS系统，可以说NTFS是目前最好的磁盘文件系统。
优盘在格式化为NTFS文件系统时，实际可用容量与其他文件系统形式也有所差别，虽然使用中感受并不是很大。
另外，在格式化优盘的过程中，容量在64G甚至是更大规格时，系统识别自动格式化为exFAT与NTFS格式，会便于优盘在不同操作系统电脑上无障碍使用。(64G甚至更大容量优盘无法直接格式化为FAT32)
NTFS相比FAT会让闪存性能降低。NTFS分区是采用“日志式”的文件系统，因为要记录磁盘的详细读写操作，对U盘这种快闪存储介质会造成较大的负担，比如同样存取一个文件或目录，在 NTFS系统上的读写次数就会比FAT32来得多，理论上NTFS格式的U盘比较容易损坏。由于U盘带宽有限，NTFS文件系统频繁读写占据通道会让磁盘性能降低。
FAT系列文件系统与NTFS之间最大的区分在于文件存取的方式，后者长期使用可能会让闪存类存储产品性能降低。