在Linux下安装软件常见的BUG

1. CXXABI… not found
   （1）strings /xxx/libstdc++.so.6 |grep CXXABI 先查看一下是否有你需要的版本
   （2）从系统的库里查看是否有高版本的 libstdc++.so.6.xx ，一般是在/usr/lib64里
   （3）将高版本的重新链接 ln -s libstdc++.so.6 libstdc++.so.6.xx 注意替换xx为你需要的版本
   （4）在 module load conda 时，可能没有加载 conda/lib ，手动添加 LD_LIBRARY_PATH 即可

2. git ’ ’ … 时提示too many argument
   问题的原因是有些系统内的git版本太低，无法识别新的参数，如果不是自己的电脑只能从别的地方下载好需要的包再上传（太坑爹了）

3. 对‘H5Aopen’未定义的引用，等等
   添加-L/path/to/hdf5/lib -lhdf5

4. 对‘cblas_sgemv’未定义的引用，等等
   添加-L/path/to/lapack/lib -lcblas

5. 对‘sgemv_’未定义的引用，等等
   添加-L/path/to/lapack/lib -lblas

6. 对‘_gfortran_st_write’未定义的引用，等等
   添加 -lgfortran

7. miniconda3 创建环境命令
   conda create -n env_name -f env_file
   网上很多教程还停留在老版本，使用 conda env create …

8. conda 安装 basemap
   conda install basemap 时会安装matplotlib 3.0.0，此时在 python 中使用 from mpl_toolkits.basemap import Basemap 会报错 ImportError: cannot import name ‘is_scalar’ ，需要用 pip 将 matplotlib 3.0.0卸载，安装 matplotlib 2.2.0（可能会有别的包冲突）

9. undefined reference to `for_write_seq_fmt’
   添加编译选项 -lifcore

10. lapack 提示错误 undefined reference to `dcopy_’ 等等
    在 -llapack 后添加编译选项 -lblas

11. 运行软件时提示 /lib64/libc.so.6: version GLIBC_2.14’ not found ，原因是 libc 版本太低，但是因为是在系统层面不方便升级，以下操作强烈建议在 conda 虚拟环境中使用
    patchelf --set-interpreter /new/path/to/glibc.so.6 /path/to/execute/file
    或者
    patchelf --set-rpath /new/path/to/glibc.so.6 /path/to/library/file

12. Fortran 编译错误
    Type mismatch between actual argument at (1) and actual argument at (2) (REAL(4)/REAL(8)).
    其实该错误并不影响程序的运行，在编译选项中添加 -fallow-argument-mismatch 即可跳过（亲测有些无法跳过）

13. Fortran 编译器 mpif90 错误，版本 gcc 10.0.2
    Rank mismatch between actual argument at (1) and actual argument at (2) (scalar and rank-1)
    原因：编译器版本太高
    解决办法：https://gcc.gnu.org/gcc-10/porting_to.html
    添加编译选项 -fallow-argument-mismatch

14. C 编译器 mpicc 错误
    error: Could not compile a test program with AVX512, adjust the C compiler or CFLAGS
    解决办法：添加编译选项 CFLAGS=-march=sandybridge 或者 -march=haswell ，march=knl

15. 安装 libint 时遇到 gmpxx.h 缺失，明明安装 gcc 的时候已经安装了 gmp 为什么不行呢？
    原因：安装 gmp 时没有支持 cxx
    解决办法：安装 gmp 时，./configure --enable-cxx --prefix…
    如果你是非 root 用户，在自己账号下安装一份也是可以用的

16. X11 库缺失
    建议使用 conda 安装

conda install -c conda-forge xorg-libx11

17. X11 库在调用时提示缺少 XauGetBestAuthByAddr 等函数，或者是提示找不到 libxau.so
    依然使用 conda 安装

conda install -c conda-forge xorg-libxau

18. 编译 lapack 时如果使用 mpiifort ，可能会出现错误 ：second_INT_ETIME.f(53): error #6407: This symbolic name is not an intrinsic function name or an intrinsic subroutine name.
    解决办法：在 make.inc 中设置 TIMER = INT_CPU_TIME

19. perl “bsd_glob” is not defined in %File::Glob::EXPORT_TAGS
    原因：bsd_glob 是 perl 5.10几以后的语法，需要升级
    解决办法： 安装更高版本的perl，例如 perl 5.28

20. Perl 出错 Can’t locate XML/LibXML.pm in @INC
    原因：新安装的 perl 没有 xml 模块
    解决办法：cpan -i XML::LibXML

21. 无法识别的命令行选项“-fstack-protector-strong”
    原因：gcc 版本过低
    解决办法：需要更高版本的 gcc ，例如 gcc 5.4.0

22. 编译时 error #6580: Name in only-list does not exist. [MPI_INFO_NULL] use mpi, only : MPI_COMM_NULL, MPI_INFO_NULL ! _EXTERNAL
    原因： icc 编译器版本过低
    解决办法：使用高版本的 icc ，例如 intel 2017 编译器

23. python GLIBC 2.14 缺少

patchelf --set-interpreter /path/to/glibc-2.14/lib/ld-linux-x86-64.so.2 /path/to/python

24. gcc、g++ 在编译时出现 cannot find ‘ld’
    原因：系统里的 binutils 版本太低了
    解决办法：

    1）如果是远程服务器，确保你的系统里的有 conda 环境 ，然后直接 conda install binutils 即可
    2）如果是你的个人电脑，可以使用 yum 或者 apt-get 安装

25. 使用 gcc 10 + openmpi 进行编译时出现：Type mismatch between actual argument at (1) and actual argument at (2) (INTEGER(4)/LOGICAL(4)).
    原因：gcc 版本太高
    解决办法：不需要更换编译器，而是在编译选项 FFLAGS 和 FCFLAGES 中添加 “-w -fallow-argument-mismatch -O2” 即可

26. Error: no such instruction: `vpbroadcastw %xmm2,%xmm2’
    原因：avx2 的问题，有两种解决办法
    解决办法：1. 在编译选择中添加 -march=native （具体看你自己的机器配置），这种办法在编译软件时可能没有作用 2.软件编译中一般在 configure 时有 avx2 的选项，关闭即可 （-no-avx2 / --disable-avx2）

27. python 实用 mpi4py 提交到 slurm 上出现下述错误

python: error: Invalid user for SlurmUser slurmadmin, ignored
python: error: Invalid user for SlurmUser slurmadmin, ignored
python: error: plugin_load_from_file: dlopen(/xxxx/slurm-16.05.3/lib/slurm/auth_munge.so): libmunge.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory
python: error: Couldn't load specified plugin name for auth/munge: Dlopen of plugin file failed

原因：使用上述的 patchelf 给 python 添加 glibc 后出现，可能导致了依赖库加载出现错误
解决方法：conda 重新安装 python，如果其他用 pip 安装的库提示确实 GLIBC_2.14 可以尝试使用conda 安装

（conda 会自动解决依赖问题）

28. 未完待续。。。。