医学科研课题设计是科研课题设计的一种，医学科研课题设计大致上分三类：调查研究性课题、实验研究性课题和新技术、新材料、新方法的开发应用。
一、调查研究性课题。这类选题是为了弄清某些疾病在某一时点或时期的发生、发展和转归状况，利用调查研究的方法和手段，对被调查研究的对象搜集可靠资料，通过整理、分析、对比、综合、判断和推论，从中总结、概括出具有普遍意义的结论。这类课题是对某些疾病的一种概括总结，有利于对该疾病的预防和控制，所以撰写这类课题设计时要注重现实意义和社会效益。如运用流行病学方法解决流行病学、非流行病学、职业病、地方病、环境与健康、临床病例分析等专业的调查研究课题。例如选用《某年洞庭湖疫区洪涝灾害后血吸虫病新发病人的流行病学调查研究》题目，就具有现实意义和社会效益。
二、实验研究性课题。这类选题是为了揭示某种事物或现象的本质，阐明某种事物的运动规律及其机理。用实验研究的方法和手段，对受试对象在实验条件下观察被试因素所产生的效应。搜集可靠资料，进行分析、综合、演绎、归纳、判断、推理，获得理性认识。这类课题注重的是实验的内容，通过实验所得数据阐明病理，具有探究性。如基础医学和部分临床医学方面的研究均属此类课题设计。