RNA测序（RNA-seq）在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面：从转录本在何时何地转录到RNA折叠以及分子互作发挥功能等。
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详细介绍了RNA seq的专业词、高通量测序常用词、转录组测序问题等，是入门RNA seq较好的资料。
了解了RNA-seq相关基础知识，需要进一步了解RNA seq究竟是什么？能做什么？一文读懂。RNA-seq是一种集合实验方法和计算机手段的一种技术，它可以确定生物样本中RNA序列的特征性和丰度。RNA-seq方法的产生源自于测序技术的世代革新。RNA-seq数据可以让我们知道很多未知的东西，比如，我们可以识别出胚胎干细胞中编码新蛋白质的转录本，可以找到皮肤癌细胞中那些过表达的转录本。
一般来说，NGS测序特别是RNA-seq正在迅速改变实验的设计和执行方式。由于技术的飞速发展，可以公平地说，对于一个特定问题没有单一的正确答案。而且许多RNA-seq项目有多个目标，例如，可能需要鉴定样本中的新基因融合转录物，对已知基因的丰度进行量化，并鉴定已知基因中的任何SNP。
因此，根据研究设计原则提供指导是更为合理的，用户既可以对预期成果充满信心地计划项目，也可以理解为什么做出某些选择。在一项研究中所使用的覆盖范围和平台的数量可能需要进行权衡，而且由于实验室资源有限，因此需要进行权衡。
这两年随着测序成本的下降和转录组研究的日渐火热，RNA-seq俨然已经成为了分子生物学课题组推进项目的首选方向。
5.37个RNA-seq工具大PK，教你数据处理方法如何选择
RNA-seq技术的广泛应用为转录组研究迎来了一个新时代。根据研究内容的方向，精度、速度和成本要求不同，科研人员需要对包括采取何种具体测序方法流程、样品类型、所需的分析结果，以及基因组研究现状和计算数据处理可用资源等内容进行权衡。因为涉及的问题复杂多样，如何找到一种最佳的工作流程，在成本和性能要求基础上，通过对RNA-seq分析中涉及到的各个不同环节进行最优选择，便成为是至关重要的问题。
样本水平分析：转录组相似性
基因水平分析：基因表达动力学
转录水平分析：转录本重构和定量
外显子水平分析：选择性剪接中的外显子包含率
基因共表达网络分析（Weighted Gene Co-Expression Network Analysis, WGCNA）
基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis, GSEA）
时序分析
基因融合分析
RNA编辑分析
蛋白互作网络分析（Protein interaction network analysis, PINA）
代谢途径可视化分析