【cryoSPARC】cryoSPARC版本更新到V4.1.2

cryoSPARC版本更新到V4.1.2

1.关闭cryoSPARC

$ cryosparcm stop

2.清理cryoSPARC残留进程

####查询残留进程
$ ps -aux |grep cryosparc
### 根据输出结果，kill <PID>清理所有进程
$ kill 4775

3.查询cryosparc安装位置

$ cryosparcm status
CryoSPARC System master node installed at
/opt/cryosparc/cryosparc_master

4.进入/opt/cryosparc/cryosparc_master，运行更新命令

$ cd /opt/cryosparc/cryosparc_master
$ cryosparcm update --list
CryoSPARC current version v3.3.1
Available versions:

v2.15.0
...
v4.1.0
v4.1.1
v4.1.2

To install a specific version, use 
    $ cryosparcm update --version=vXX.YY.ZZ[-branchname]
$ cryosparcm update --version=v4.1.2 ###安装需求的版本

到此完成了对于cryosparc_master的更新，还需要对cryosparc_worker进行更新

$ cd /opt/cryosparc/cryosparc_worker
$ bin/cryosparcw update

5.检查master和worker是否都正常完成版本更新

$ cd /opt/cryosparc/cryosparc_master
$ cat version
v4.1.2
$ cat ../cryosparc_worker/version
v4.1.2

版本均为v4.1.2说明更新完成

对于新版本下载慢的问题

可以采取单独下载文件后再手动更新的方式

###通过cryosparcm update命令直接手动下载，注意要将文件下载到cryosparc_master目录中，或者下载后copy到该目录
$ cryosparcm update --version=v4.1.2 --download-only
###通过下载命令进行下载
###查询LICENSE_ID并添加为环境变量
$ cryosparcm status
...
global config variables:
export CRYOSPARC_LICENSE_ID="XXXX-XXXX-XXXX-XXXX-XXX"
...
$ export LICENSE_ID="<license_id>"
###下载文件包到cryosparc_master目录
$ curl -L https://get.cryosparc.com/download/master-latest/$LICENSE_ID -o cryosparc_master.tar.gz
$ curl -L https://get.cryosparc.com/download/worker-latest/$LICENSE_ID -o cryosparc_worker.tar.gz

进行手动更新

$ cd /opt/cryosparc/cryosparc_master/bin
### 备份cryosparcm文件
$ cp cryosparcm cryosparcm_backup
### 修改cryosparcm 注释掉删除旧文件和下载文件包的部分
$ vim cryosparcm ### 或用 gedit cryosparcm比较方便点
$ gedit cryosparcm
### find以下部分，并注释对应命令
  Removing previous downloads...
  Downloading master update...
  Downloading worker update...
### 注释后脚本变为
  ...
echo "  Removing previous downloads..."
#        rm -f cryosparc_master.tar.gz cryosparc_worker.tar.gz cryosparc2_master.tar.gz cryosparc2_worker.tar.gz
...
echo "  Downloading master update..."
 #       curl $curl_opts -L "https://get.cryosparc.com/download/master-$version/$CRYOSPARC_LICENSE_ID" > cryosparc_master.tar.gz
        echo "  Downloading worker update..."
#        curl $curl_opts -L "https://get.cryosparc.com/download/worker-$version/$CRYOSPARC_LICENSE_ID" > cryosparc_worker.tar.gz
        echo "  Done."
...
###保存脚本并执行更新命令
$ cryosparcm update --version=v4.1.2   

ref:
cryoSPARC Guide:Software Updates and Patches
cryoSPARC Guide:Downloading and Installing CryoSPARC