1、加载配准模块（新安装时）
View → extension manager → install extensions → 搜索 registration → 选择 SlicerElastix 安装（凌晨下载快）。
2、导入数据
DATA → Choose Files to Add → 选择文件（如图） → 勾选 Show Options，对 atlas 模板文件勾选 Labal Map，Centered 也都勾上，否则对不准。
◆ atlas 模板：HarvardOxford-cort-maxprob-thr50-2mm.nii
◆ 标准图像：mni152.nii.gz，与 atlas 模板相匹配
◆ 个体影像：BraTS19_TCIA10_106_1_t1.nii.gz
3、配准
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切换模块：Welcome to Slicer → Registration → General Registration (Elastix)
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设置参数：
Fixed volume: MNI152（标准文件）
Moving volume: BraTS19_TCIA10_106_1_t1 （个体影像文件）
Output volume: BraTS19_TCIA10_106_1_t1（个体影像文件）
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Apply 开始配准，配准完成后，右侧图像显示个体图像和标准图像匹配成功。
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保存配准文件：SAVE → 只保存配准后的个体文件（修改文件名，后加_reg）
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查看配准文件：将配准后的个体文件载入
MRIcroGL，Add Overlay 加入 atlas 模板，可看到各脑区与模板对应上了。
4、提取感兴趣区
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3Dslicer中选择另一个模块 Segmentation →Segment Editor对 atlas 文件操作。 -
Master volume 选 HarvardOxford-cort-maxprob-thr50-2mm, 点
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点击 Threshold 图标，
Threshold Range填写要挑选的脑区，如 30（左上限，右下限都填 30），此时右边所选脑区闪烁，Apply。
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保存：SAVE → 选择 Segmentation.seg.nrrd 文件保存。
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查看：载入
MRIcroGL，Add Overlay 加入 Segmentation.seg.nrrd。
5、用 Python 挑选脑区
- 配准也可以用 python 实现，但需要在 linux 或 Mac 系统实现。
import SimpleITK as sitk
maskFilePath = 'C:/Users/HUAWEI/Desktop/file3/HarvardOxford-cort-maxprob-thr50-2mm.nii'
reader = sitk.ImageFileReader()
reader.SetFileName(maskFilePath)
mask = reader.Execute()
size = mask.GetSize() # order: x, y,z 像素点的个数
origin = mask.GetOrigin() # order: x, y,z
spacing = mask.GetSpacing() # order:x, y,z
direction = mask.GetDirection() # order: x,y,z
maskArr = sitk.GetArrayFromImage(mask) # order:z，y,x 从影响上得到矩阵（顺序与其他不一样）
maskArr_new = maskArr
maskArr_new[maskArr != 31] = 0
maskArr_new[maskArr == 31] = 1 # 只显示 31 脑区
# 提取新 mask 的矩阵
mask_new = sitk.GetImageFromArray(maskArr_new)
# 设置新 mask 的参数
mask_new.SetDirection(direction)
mask_new.SetSpacing(spacing)
mask_new.SetOrigin(origin)
# 保存 mask 文件
sitk.WriteImage(mask_new, 'C:/Users/HUAWEI/Desktop/file3/mask_new.nii.gz')