第一步：下载freesurfer：从freesurfer的官方网站上下载：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Download ，此处下载的是freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz
第二歩：安装freesurfer：
1）把freesurfer的安装包复制到 /usr/local; 在终端输入：cp freesurfer所在位置 /usr/local
2) 进入 /usr/local，解压freesurfer文件，输入 sudo tar -zxvf 文件名（如：sudo tar -zxvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz）
3) 安装tcsh (if not), 输入：sudo apt-get install tcsh; 完成后输入tcsh，不报错的话就没问题了。
4）配置环境变量：输入：sudo gedit /etc/profile，在最后一行加入：export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
5） sudo gedit /etc/bash.bashrc 在最后一行加入：
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
在做完这两步，需要用source /etc/profile使修改生效（或者注销一下）
6) 把注册时给的license文件复制到/usr/local/freesurfer里面
邮件内容如：
Here is your FreeSurfer license. Place the four lines between theCUT HERE markers in a file named "license.txt" in the directory pointed toby the $FREESURFER_HOME environment variable (see the FreeSurfer documentation).
#---------------CUT HERE---------------
xxxxxx
xxxxx
xxxxx
xxxxx
#---------------CUT HERE---------------
7）分别输入：tkregister2、tkmedit、tksurfer 和recon-all --help没有报错的话 就说明基本安装成功了。
8）输入：recon-all -s bert -autorecon1
等一段时间，出现“recon-all -s bert finished without error at Sat Oct 11 10:07:49 CST 2014 done”
至此，大功告成！！！
其它：由于是ubuntu12.04的操作系统，所以可能会出现以下情况：“qdec.bin: error while loading shared libraries: libjpeg.so.62: cannot open shared object file: No such file or directory”
解决方案：sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjpeg.so.8.0.2 /usr/lib/libjpeg.so.62
这个链接在14版的Ubuntu中依然需要做
reference:
1)http://52brain.com/forum.PHP?mod=viewthread&action=printable&tid=8723(http://blog.sina.com.cn/s/blog_594168770101i52v.html)
2)http://wenku.baidu.com/link?url=86-qaV4F97xzdXtlFbXMztEyLij2Y6tTE5Zr5MY8I5lbKSPwRIpWWAcQ_ipLxRPLnknqeu5L9jR0xyuzAgaZq-EK7Jap7cdc8tBlC8OjVW3