加密文件系统（Encrypting File System, EFS）提供文件加密的功能，文件经过加密后，只有当初将其加密的用户或被授权的用户能够读取，因此可以增加文件的安全性。
注意：只有NTFS 磁盘内的文件、文件夹才可以被加密，如果将文件复制或剪切到非NTFS磁盘内，则此新文件会被解密。
文件压缩与加密无法并存。要加密已压缩的文件，则该文件会自动被解压缩。要压缩已加密的文件，则该文件会自动被解密。
1、对文件与文件夹加密
STEP 1 对文件加密。用鼠标右键单击该文件，在弹出的快捷菜单中单击“属性”→“高级”按钮，在弹出的“高级属性”对话框中勾选“加密内容以便保护数据”复选框，单击“确定”按钮，再单击“应用”按钮，在弹出的“加密警告”对话框中选中“加密文件及其父文件夹（推荐）”选项，或“只加密文件”单选按钮。
如果选择“加密文件及其父文件夹（推荐）”单选按钮，则以后在此文件夹内新添加的文件都会自动被加密，如下图所示。
文件加密：
STEP 2 对文件夹加密。选中文件夹，单击鼠标右键，在弹出的快捷菜单中单击“属性”→“高级”按钮，在弹出的“高级属性”对话框中勾选“加密内容以便保护数据”复选框，单击“确定”按钮，再单击“应用”按钮，弹出的对话框，选中“将更改应用于此文件夹、子文件夹和文件”单选按钮。
“确认属性更改”对话框：
- 仅将更改应用于此文件夹：以后在此文件夹内添加的文件、子文件夹与子文件夹内的文件都会被自动加密，但不会影响到此文件夹内现有的文件与文件夹。
- 将更改应用于此文件夹、子文件夹和文件：不但以后在此文件夹内新增加的文件、子文件夹与子文件夹内的文件都会被自动加密，同时会将已经存在于此文件夹内的 现有文件、子文件夹与子文件夹内的文件都一并加密。
当用户或应用程序需要读取加密文件时，系统会将文件由磁盘内读出、自动将解密后的内容提供给用户或应用程序，然而存储在磁盘内的文件仍然是处于加密状态的；而将数据写入文件时，它们也会被自动加密后再写入磁盘内的文件。
如果将一个未加密文件剪切或复制到加密文件夹，该文件会被自动加密。当将一个加密文件剪切或复制到非加密文件夹时，该文件仍然会保持其加密的状态。
利用EFS加密的文件，只有存储在硬盘内才会被加密，在通过网络传输的过程中是没有加密的。如果希望通过网络传输时仍然保持加密的安全状态，可以通过IPSec或WebDev等方式来加密。
2、授权其他用户可以读取加密的文件
被加密的文件只有文件的所有者可以读取，不过也可以授权给其他用户读取。被授权的用户必须具备EFS证书，而普通用户在第1次执行加密操作后，就会自动被赋予EFS证书，也就可以被授权了。
以下示例假设要授权给域用户Alice。要想授权给域用户Alice，必须保证Alice在MS1上有个人用户证书存在，最简单的方法就是用Alice对某个文件夹加密，从而生成Alice的个人用户证书。授权给Alice的完整步骤如下。
STEP 1 以本地管理员身份登录 MS1，在 network 下新建“testAdministrator”和“test”两个文件，单独对文件“test-Administrator”加密，选择“只加密文件”，避免对其父文件夹加密。
STEP 2 注销MS1，以域用户Alice登录MS1，在network下新建文件夹“test-Alice”,单独对该文件夹加密。加密后的文件和文件夹以彩色显示，如下图所示
被不同用户加密后的文件和文件夹：
STEP 3 分别访问“test”和“test-Administrator”两个文件，由于test文件没有加密，所以能正常访问，但test-Administrator由于被administrator用户加密而拒绝访问。
STEP 4 注销MS1，以本地管理员身份登录MS1，将“test-Administrator”的解密授权给用户Alice。方法为：用鼠标右键单击“test-Administrator”文件，在弹出的快捷菜单中单击“属性”→“高级”按钮，在下图中单击“详细信息”→“添加”→“查找用户”按钮，选择用户“Alice”，然后单击“确定”按钮。
添加Alice个人证书：
STEP 5 注销MS1，以域用户Alice登录MS1，访问“test-Administrator”文件，能正常访问。
STEP 6 具备恢复证书的用户也可以访问被加密的文件。默认只有域Administrator拥有恢复证书（由上图的中间图下方的恢复证书处可看出），不过可以通过组策略或本地策略将恢复证书分配给其他用户。以本地策略为例，其设置方法为：选择“服务器管理器”→“工具”→“本地安全策略”→“公钥策略”命令，展开“公钥策略”选项，用鼠标右键单击“加密文件系统”选项，在弹出的快捷菜单中选择“添加数据恢复代理程序”命令。
3、备份EFS证书
为了避免 EFS 证书丢失或损毁，造成文件无法读取的后果，建议利用证书管理控制台来备份EFS证书，其步骤如下。
STEP 1 在“开始”菜单的“运行”中执行“certmgr.msc”命令，展开“个人”→“证书”选项，用鼠标右键单击预期目的为“加密文件系统”的证书，在弹出的快捷菜单中选择“所有任务”→“导出”命令，然后单击“下一步”按钮，选中“是，导出私钥”单选按钮，单击“下一步”按钮，选择默认的.pfk格式，选中“组或用户名”单选按钮，也可以设置密码（以后只有该用户有权导入，否则需要输入此处的密码），如下图所示。
当前用户个人证书：
建议将此证书文件备份到另外一个安全的地方。如果有多个EFS证书，请全部导出存档。
STEP 2 如果Alice用户的EFS证书丢失或损毁，造成文件无法读取，可以将备份的EFS证书导入。在上图用鼠标右键单击左侧的“证书”选项，在弹出的快捷菜单中选择“所有任务”→“导入”命令，根据向导完成证书导入即可。