【R语言】计算多样性指数出现空值NA

出现问题

计算多样性指数,算出Shannon,Simpson,Richness和Ace指数都是NA

:相对丰度算不了ace指数,要用reads

发现原因

有的样品中的某个ASV是空值
在这里插入图片描述
补充说明:其实最后发现本质原因是 将ASV表抽平时程序未运行完成就中断,导致这个ASV在某些样品中是空值,且有丢失的ASV。---->重新抽平即解决(本次主要想记录出现空值该怎么解决)

解决方法

把空值行删掉

df2<-df[,rownames(index)[is.na(index$Ace)]]
rows_with_na <- df2[apply(df2, 1, function(row) any(is.na(row))), ]

在这里插入图片描述
读入的时候,去掉空值

空值补0

df[is.na(df)]<-0

在这里插入图片描述

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