出现问题
计算多样性指数,算出Shannon,Simpson,Richness和Ace指数都是NA
注:相对丰度算不了ace指数,要用reads
发现原因
有的样品中的某个ASV是空值
补充说明:其实最后发现本质原因是 将ASV表抽平时程序未运行完成就中断,导致这个ASV在某些样品中是空值,且有丢失的ASV。---->重新抽平即解决(本次主要想记录出现空值该怎么解决)
解决方法
把空值行删掉
df2<-df[,rownames(index)[is.na(index$Ace)]]
rows_with_na <- df2[apply(df2, 1, function(row) any(is.na(row))), ]
读入的时候,去掉空值
空值补0
df[is.na(df)]<-0