CAT_pack 开源项目使用教程

CAT_pack 开源项目使用教程

CAT_pack CAT/BAT/RAT: tools for taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs) and for taxonomic profiling of metagenomes CAT_pack 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ca/CAT_pack

1. 项目介绍

CAT_pack 是一个用于分类学分类的工具包,包含 CAT、BAT 和 RAT 三个工具。CAT 和 BAT 用于对长 DNA 序列和元基因组组装的基因组(MAGs)进行分类学分类,而 RAT 则用于估计元基因组的微生物组成。这些工具的核心算法涉及基因预测、将预测的 ORF 映射到蛋白质数据库,并通过基于个体 ORF 分类的投票机制对整个序列或 MAG 进行分类。

2. 项目快速启动

2.1 安装

CAT_pack 无需安装,可以直接运行。你可以通过提供绝对路径来运行 CAT_pack:

$ /CAT_pack/CAT_pack --help

或者,将 CAT_pack 目录中的文件添加到 $PATH 变量中,以便从任何位置运行 CAT_pack:

$ CAT_pack --version

2.2 下载预构建数据库文件

要开始使用 CAT/BAT/RAT,你需要在系统上获取数据库文件。你可以下载预构建的数据库文件,或者自己生成它们。

下载 NCBI nr 数据库:

$ wget tbb.bio.uu.nl/tina/CAT_pack_prepare/20240422_CAT_nr.tar.gz
$ tar -xvzf 20240422_CAT_nr.tar.gz

下载 GTDB 数据库:

$ wget tbb.bio.uu.nl/tina/CAT_pack_prepare/20231120_CAT_gtdb.tar.gz
$ tar -xvzf 20231120_CAT_gtdb.tar.gz

2.3 创建新的 NCBI nr 或 GTDB 数据库

你也可以自己构建一个新的数据库。使用 CAT_pack download 模块下载和处理原始数据,为构建新的 CAT_pack 数据库做准备。

下载 NCBI nr 数据库:

$ CAT_pack download -db nr -o path/to/nr_data_dir

下载 GTDB 数据库:

$ CAT_pack download -db gtdb -o path/to/gtdb_data_dir

3. 应用案例和最佳实践

3.1 分类学注释

CAT 和 BAT 可以用于对未知的微生物序列和 MAGs 进行分类学注释。通过基因预测和 ORF 映射,CAT 和 BAT 能够准确地对序列进行分类。

3.2 元基因组组成估计

RAT 工具可以利用 CAT 和 BAT 的输出结果,估计元基因组的微生物组成。RAT 通过整合 MAGs 和 contigs 的分类学信号,提高了读取注释和分类学分析的准确性。

4. 典型生态项目

4.1 微生物多样性研究

CAT_pack 工具在微生物多样性研究中具有广泛的应用。通过分类学注释,研究人员可以更好地理解微生物群落的组成和功能。

4.2 环境监测

在环境监测中,CAT_pack 可以帮助识别和分类环境样本中的微生物,从而评估环境健康状况和污染情况。

4.3 临床诊断

在临床诊断中,CAT_pack 可以用于快速识别和分类病原微生物,帮助医生制定更有效的治疗方案。

通过以上步骤,你可以快速上手并充分利用 CAT_pack 工具进行分类学分析和元基因组研究。

CAT_pack CAT/BAT/RAT: tools for taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs) and for taxonomic profiling of metagenomes CAT_pack 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ca/CAT_pack

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转载自blog.csdn.net/gitblog_00243/article/details/142840993