CAT_pack 开源项目使用教程
项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ca/CAT_pack 1. 项目介绍
CAT_pack 是一个用于分类学分类的工具包，包含 CAT、BAT 和 RAT 三个工具。CAT 和 BAT 用于对长 DNA 序列和元基因组组装的基因组（MAGs）进行分类学分类，而 RAT 则用于估计元基因组的微生物组成。这些工具的核心算法涉及基因预测、将预测的 ORF 映射到蛋白质数据库，并通过基于个体 ORF 分类的投票机制对整个序列或 MAG 进行分类。
2. 项目快速启动
2.1 安装
CAT_pack 无需安装，可以直接运行。你可以通过提供绝对路径来运行 CAT_pack：
$ /CAT_pack/CAT_pack --help
或者，将 CAT_pack 目录中的文件添加到 $PATH 变量中，以便从任何位置运行 CAT_pack：
$ CAT_pack --version
2.2 下载预构建数据库文件
要开始使用 CAT/BAT/RAT，你需要在系统上获取数据库文件。你可以下载预构建的数据库文件，或者自己生成它们。
下载 NCBI nr 数据库：
$ wget tbb.bio.uu.nl/tina/CAT_pack_prepare/20240422_CAT_nr.tar.gz
$ tar -xvzf 20240422_CAT_nr.tar.gz
下载 GTDB 数据库：
$ wget tbb.bio.uu.nl/tina/CAT_pack_prepare/20231120_CAT_gtdb.tar.gz
$ tar -xvzf 20231120_CAT_gtdb.tar.gz
2.3 创建新的 NCBI nr 或 GTDB 数据库
你也可以自己构建一个新的数据库。使用 CAT_pack download 模块下载和处理原始数据，为构建新的 CAT_pack 数据库做准备。
下载 NCBI nr 数据库：
$ CAT_pack download -db nr -o path/to/nr_data_dir
下载 GTDB 数据库：
$ CAT_pack download -db gtdb -o path/to/gtdb_data_dir
3. 应用案例和最佳实践
3.1 分类学注释
CAT 和 BAT 可以用于对未知的微生物序列和 MAGs 进行分类学注释。通过基因预测和 ORF 映射，CAT 和 BAT 能够准确地对序列进行分类。
3.2 元基因组组成估计
RAT 工具可以利用 CAT 和 BAT 的输出结果，估计元基因组的微生物组成。RAT 通过整合 MAGs 和 contigs 的分类学信号，提高了读取注释和分类学分析的准确性。
4. 典型生态项目
4.1 微生物多样性研究
CAT_pack 工具在微生物多样性研究中具有广泛的应用。通过分类学注释，研究人员可以更好地理解微生物群落的组成和功能。
4.2 环境监测
在环境监测中，CAT_pack 可以帮助识别和分类环境样本中的微生物，从而评估环境健康状况和污染情况。
4.3 临床诊断
在临床诊断中，CAT_pack 可以用于快速识别和分类病原微生物，帮助医生制定更有效的治疗方案。
通过以上步骤，你可以快速上手并充分利用 CAT_pack 工具进行分类学分析和元基因组研究。