Python数据分析NumPy和pandas(十五、pandas 数据加载、存储和文件格式)

大多数时候,我们要处理分析的数据是存储在不同格式的文件中的,有txt、csv、excel、json、xml以及二进制等磁盘文件格式,还有时候是从数据库以及从Web API中交互获取要处理的数据。现在开始学习如何用pandas从以上内容中输入和输出数据。

读取和写入文本格式数据

pandas具有许多函数,用于将表格数据作为DataFrame对象读取。下面列表列出来一些常用的函数,pandas.read_csv 是最常用的方法之一。这一次主要学习从各种格式的文本文件中存取数据,后面还要学习从二进制数据格式文件中存取数据。

以下列表:pandas 中的文本和二进制数据加载函数

函数 描述
read_csv 从文件、URL 或类似文件的对象加载分隔数据;使用逗号作为默认分隔符
read_fwf 以固定宽度的列格式读取数据(即无分隔符)
read_clipboard 从剪贴板读取数据的read_csv函数的变体;用于从网页转换表格
read_excel 从 Excel XLS 或 XLSX 文件中读取表格数据
read_hdf 读取 pandas 写入的 HDF5 文件
read_html 读取给定 HTML 文档中找到的所有表格数据
read_json 从 JSON 字符串表示形式、文件、URL 或类似文件的对象中读取数据
read_feather 读取 Feather 二进制文件格式
read_orc 读取 Apache ORC 二进制文件格式
read_parquet 读取 Apache Parquet 二进制文件格式
read_pickle 读取 pandas 存储的Python pickle 格式对象
read_sas 读取SAS 数据集;由 SAS 系统的自定义存储格式之一存储
read_spss 读取 SPSS 创建的数据文件
read_sql 读取 SQL 查询的结果(使用 SQLAlchemy)
read_sql_table 读取整个 SQL 表(使用 SQLAlchemy);等效于使用 read_sql 选择该表中所有内容的查询
read_stata 从 Stata 文件格式读取数据集
read_xml 从 XML 文件中读取数据表

这些函数旨在将文本数据转换为 DataFrame,我们先大概了解下这些函数的作用机制。这些函数的可选参数可能分为几类:

Indexing(索引):

可以将一个或多个列视为返回的 DataFrame,以及是否从文件中获取列名等。

Type inference and data conversion(类型推断和数据转换):

包括用户自定义的值转换和缺失值标记的自定义列表等。

Date and time parsing(日期和时间解析)

包括组合功能,可以将分布在多个列中的日期和时间信息合并到结果中的单个列中。

Iterating(迭代):

支持迭代非常大的文件(块)。

Unclean data issues(脏数据问题):

跳过行数据,如页脚、注释或类似于用逗号分隔的千位数字数据的其他小内容数据。

由于现实世界中的数据可能非常混乱,因此随着时间的推移,为了处理这些数据,一些数据加载函数(尤其是 pandas.read_csv)已经积累了一长串可选参数。一开始对这些参数不知所措是正常的(pandas.read_csv 大约有 50 个)。在线 pandas 官方文档有许多关于这些参数工作原理的示例,我们可以找到一个足够相似的示例来帮助我们正确的使用参数。

因为有些文件的 column 数据类型不是数据格式的一部分,所以一些函数提供了类型推理功能。这意味着我们不必指定哪些列是数字、整数、布尔值或字符串。另外有一些数据格式(如 HDF5、ORC 和 Parquet)在格式中嵌入了数据类型信息。

对于处理日期和其他自定义类型,我们可能需要应用更多的其他一些处理方法。


下面我将从读取处理一个小的逗号分隔值 的(CSV) 文本文件开始学习,这个文件名是ex1.csv,存储在examples目录中,examples目录与处理它的Python pandas代码存储在相同目录下,ex1.csv的数据内容如下,另外再创建一个ex2.csv文件,这个文件的数据内容跟ex1.csv一样,只是没有标题行。

 

通过pandas.read_csv函数将其读取出来,并打印到vs code控制台(很简单,不要搞错文件的存储目录和文件名)

import numpy as np
import pandas as pd

df = pd.read_csv("examples/ex1.csv")
print(df)

jupyter中输出的pandas对象:

a b c d message
0 1 2 3 4 hello
1 5 6 7 8 world
2 9 10 11 12 foo

对于没有标题行的文件ex2.csv,读取此文件,可以允许 pandas 分配默认列名称,也可以自己指定名称,如下代码。

import numpy as np
import pandas as pd

#pandas默认制定列名
a = pd.read_csv("examples/ex2.csv", header=None)

#用names指定列名。
b = pd.read_csv("examples/ex2.csv", names=["a", "b", "c", "d", "message"])

#指定 message 列成为返回的 DataFrame 的索引。
#可以指定索引位于第4列,也可以使用 index_col 参数将其命名为 “message”
names = ["a", "b", "c", "d", "message"]
c = pd.read_csv("examples/ex2.csv", names=names, index_col="message")

设置header=None,则read_csv输出(默认分配列名0 1 2 3 4):

0 1 2 3 4
0 1 2 3 4 hello
1 5 6 7 8 world
2 9 10 11 12 foo

用names指定列名输出:

a b c d message
0 1 2 3 4 hello
1 5 6 7 8 world
2 9 10 11 12 foo

用names指定列名,同时用index_col指定message为列索引名,输出:

a b c d
message
hello 1 2 3 4
world 5 6 7 8
foo 9 10 11 12

 如果我们想要从多个列中形成分层索引(后面的学习中还会深入学习分层索引),可以传递列号或名称列表。我们创建一个csv_mindex.csv文件,其内容如下图

我们用read_csv读取该文件,并用index_col指定列名称形成分层索引:

import numpy as np
import pandas as pd

parsed = pd.read_csv("examples/csv_mindex.csv", 
                     index_col=["key1", "key2"])
print(parsed)

 输出结果如下:

value1 value2
key1 key2
one a 1 2
b 3 4
c 5 6
d 7 8
two a 9 10
b 11 12
c 13 14
d 15 16

在某些情况下,表格中可能没有固定的分隔符,会使用空格或其他模式来分隔字段。我们来看文本文件ex3.txt中的内容(空格分隔字典),如下图:

 

这个文本文件ex3.txt中的字段由不同数量的空格分隔。在这种情况下,我们可以将正则表达式作为 pandas.read_csv 的分隔符传递。这里可以用正则表达式 \s+ 来表示(windows下要加个转义符\),看如下代码:

import numpy as np
import pandas as pd

result = pd.read_csv("examples/ex3.txt", sep="\\s+")
print(result)

输出:

A B C
aaa -0.264438 -1.026059 -0.619500
bbb 0.927272 0.302904 -0.032399
ccc -0.264273 -0.386314 -0.217601
ddd -0.871858 -0.348382 1.100491

由于列名少一个,因此pandas.read_csv推断在此特殊情况下,第一列应该是 DataFrame 的索引 。

我们再创建一个ex4.csv,第0、2、3行是注释行,其内容如下图:

我们在读取ex4.csv数据的时候需要忽略第0、2、3行注释内容,因此我们可以如下操作:

import numpy as np
import pandas as pd

result = pd.read_csv("examples/ex4.csv", skiprows=[0, 2, 3])
print(result)

 用skiprows参数指定要跳过的行,输出结果如下:

a b c d message
0 1 2 3 4 hello
1 5 6 7 8 world
2 9 10 11 12 foo

处理缺失值是文件数据读取过程中一个重要的部分。缺失数据通常是不存在,或是空字符串、或是由某个 sentinel (占位符)。默认情况下,pandas 使用一组常见的 sentinel替代这些缺失数据,例如 NaN 和 NULL 。我们创建一个ex5.csv文件来示例,这个文件的内容如下图:

import numpy as np
import pandas as pd

result = pd.read_csv("examples/ex5.csv")
print(result)

输出:

something a b c d message
0 one 1 2 3.0 4 NaN
1 two 5 6 NaN 8 world
2 three 9 10 11.0 12 foo

pandas 将缺失值输出为 NaN,因此我们在 result 中有两个缺失值NaN。可以用isna函数判断: 

pd.isna(result) 输出:

something a b c d message
0 False False False False False True
1 False False False True False False
2 False False False False False False

我们还以通过传递一个缺失值列表给na_values参数,指定哪些值是缺失值,例如我们将1和NULL指定为缺失值:

import pandas as pd

result = pd.read_csv("examples/ex5.csv", na_values=["NULL",'1'])

print(result)

 输出:

something a b c d message
0 one NaN 2 3.0 4 NaN
1 two 5.0 6 NaN 8 world
2 three 9.0 10 11.0 12 foo

其中元素值1以及为null的元素,都用默认值NaN填充了。

 另外,可以用keep_default_na=False设置缺失值进行isna判断时不为True,例如:

import pandas as pd

result2 = pd.read_csv("examples/ex5.csv", keep_default_na=False)
print(result2)
print(result2.isna())

result3 = pd.read_csv("examples/ex5.csv", keep_default_na=False, na_values=["NA"])
print(result3)
print(result3.isna())

result2输出:

something a b c d message
0 one 1 2 3 4 NA
1 two 5 6 8 world
2 three 9 10 11 12 foo

result2.isna()输出:

something a b c d message
0 False False False False False False
1 False False False False False False
2 False False False False False False

 result3输出:

something a b c d message
0 one 1 2 3 4 NaN
1 two 5 6 8 world
2 three 9 10 11 12 foo

result3.isna()输出: 

something a b c d message
0 False False False False False True
1 False False False False False False
2 False False False False False False

 从以上可以看出获取result2和result3数据的差别,大家可以自己琢磨下。

我们还可以为文件中的每一列指定不同的 NA 占位符,例如:

import pandas as pd

sentinels = {"message": ["foo", "NA"], "something": ["two"]}
res = pd.read_csv("examples/ex5.csv", na_values=sentinels, keep_default_na=False)
print(res)

输出:

something a b c d message
0 one 1 2 3 4 NaN
1 NaN 5 6 8 world
2 three 9 10 11 12 NaN

以下列表是一些 pandas.read_csv 函数常用参数,大家要学习列表中Description中内容,要动手写代码去试用 :


今天先学到这好累,下次学习分段读取文本文件 

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转载自blog.csdn.net/FreedomLeo1/article/details/143279177