PFX与JKS的主要区别在于它们的应用场景、格式类型以及使用方式。
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应用场景：PFX格式证书（Predecessor of PKCS#12）主要用于Windows IIS服务器，而JKS格式证书（Java KeyStore）则主要用于Java或Tomcat服务器。这意味着，如果你在使用Windows IIS服务器，你可能会使用PFX格式的证书；如果你在使用Java或Tomcat服务器，则可能会使用JKS格式的证书。
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格式类型：PFX和JKS都是二进制格式，它们都包含了证书和私钥，并且通常都有密码保护。然而，PFX是PKCS#12（Public Key Cryptography Standards #12）标准的一部分，而JKS是Java KeyStore工具的特定格式。这两种格式都支持存储和传输用户的私钥、公钥以及证书。
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使用方式：在配置服务器时，使用PFX格式证书时需要指定keystoreType为"PKCS12"，而JKS格式证书则不需要这样的指定。这是因为PFX和JKS是为不同的平台和工具设计的，因此它们的配置和使用方法也有所不同。
总的来说，选择PFX或JKS取决于你的服务器类型和你希望使用的平台。如果你在使用Windows IIS服务器，PFX可能是更好的选择；如果你在使用Java或Tomcat服务器，则JKS可能更适合。