1,hic-pro无法执行:
只有nohup信息,其余直接exit
首先是输出文件夹占据重名是否要override,bin里的hic-pro函数对应line 303也是这个override的数据读入问题(其实是个小问题);
但是实际上修改之后运行只有nohup信息,然后直接exit了
类似于https://github.com/nservant/HiC-Pro/issues/629
(1)是否是数据问题:激活环境之后
①是否是数据太大:
选取一小部分数据还是不行,不是数据该数据量问题
②是否是该数据样本本身问题
使用其他数据https://github.com/nservant/HiC-Pro/issues/607(小型测试data)
应该是数据本身的问题
③是不是数据后缀的问题:
对的,才发现数据后缀是_1不是_R1
但是理论上来讲这个应该也会报错error,比如说后缀不符合(记得以前本科做hic时候也会报错),但是实际上却没有;
说明有些error看不出来的很可能还是没有按照官方最基本的数据格式、配置文件去做
但是后来tmux中任务运行中断
tmux自动保存session需求:
1,之前运行的hic-pro任务的tmux窗口突然没了,只能重新跑数据:
tmux ls以及ps都没有找到tmux任务,所以无法通过/tmp
2,为确保此次运行tmux正常,安装可以自动保存并恢复tmux会话的tmux插件:
参考https://blog.csdn.net/TH_NUM/article/details/128201525
首先安装Tmux Plugin Manager(1个插件管理工具):
参考https://github.com/tmux-plugins/tpm
没有发现有tmux.conf文件,就自己vim创建一个
然后注意tmux source,要打开tmux让tmux运行之后再运行该命令
然后下面就是安装插件的一般步骤:
在原来vim新建的tmux.conf文件中新增插件语句(即1),
在tmux运行前提下
参考http://www.funzzz.fun/2020/12/30/tmux—plugins/
3,正式安装tmux插件:
首先是安装tmux-resurrect插件:
参考https://github.com/tmux-plugins/tmux-resurrect
其次是:
首先是插件list的set:新增最底下2个
其次是tmux-continuum插件的一些设置:
https://github.com/tmux-plugins/tmux-continuum/blob/master/docs/automatic_start.md
其他设置方面:
参考https://github.com/tmux-plugins/tmux-continuum/blob/master/docs/faq.md
首先可以修改保存时间间隔:
整体修改如下:
参考https://blog.csdn.net/TH_NUM/article/details/128201525
文件配置好之后,再在tmux运行的终端中(建议是tmux中)
然后:
也就是ctrl+B(tmux的前缀键)+I(大写)
参考:
http://www.funzzz.fun/2020/12/30/tmux—plugins/
但是失败:
手动安装参考https://github.com/tmux-plugins/tpm/issues/62
或者考虑一下使用sudo权限(主要是涉及到tmux插件文件夹的write权限问题)
不行就多安装几次prefix+I
再次tmux: