todo:
1,如何获取转录本、启动子等bed文件,从gtf等注释中
2,bed注释gene的方法
findoverlap、chip类peak注释函数,bedtools工具的使用等
3,每篇博客下面的todo
4,先占个坑
ChIP/ATAC:待更新
主要参考TNBC-project/5,Other_omics at main · MaybeBio/TNBC-project · GitHub,
GitHub - mdozmorov/ChIP-seq_notes: Notes on ChIP-seq and other-seq-related tools
主要就是参考seu-实践
以及srtp/投稿部分code(SE/CRC——》TCGA——》RTN——》cox model)套路走
5,hic数据处理pipeline
Hi-C Processing Pipeline – 4DN Data Portal
6,之前博客的遗留问题,比如说GSEA以及超几何test
其实很多问题在于:
1,如何找对工具,也就是一整个处理体系的工具:权威公众号固然可,但建议直接看CNS中的methods
2,之后如何设置正确参数集(还是建议看methods)
3,按照模块复现,一定要注释好,便于后面继承以及修改对接