GetBox-PyMOL-插件技术文档
项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ge/GetBox-PyMOL-Plugin 安装指南
下载插件
首先，从GitHub项目页面下载最新版本的GetBox-PyMOL-Plugin插件压缩包。下载地址为：
GetBox-PyMOL-Plugin.v20180204.zip
安装步骤
- 打开PyMOL软件。
- 进入菜单栏，选择
Plugin->Plugin Manager。 - 在Plugin Manager中，选择
Install New Plugin。 - 找到并选择下载的
GetBox Plugin.py文件。 - 安装完成后，重启PyMOL。
- 重启后，在PyMOL的Plugin菜单中会看到一个新的菜单项
GetBox Plugin，表示安装成功。
项目使用说明
背景介绍
GetBox-PyMOL-Plugin是一个用于计算LeDock、AutoDock和AutoDock Vina对接盒子的PyMOL插件。该插件由Mengwu Xiao（湖南大学）开发，并于2014年7月30日首次上传至BioMS论坛。
主要功能
- 自动检测盒子：通过点击鼠标或使用代码
autobox 5.0自动检测盒子。 - 从选择中获取盒子：选择配体或残基后，点击菜单或使用代码
getbox (sele), 5.0获取盒子。 - 高级用法：通过命令行模式进行更灵活的操作。
使用示例
- 自动检测盒子：
autobox 5.0 - 从选择中获取盒子：
getbox (sele), 5.0 - 高级用法：
resibox resi 214+226+245, 8.0 showbox 2,3,4,5,6,7
项目API使用文档
主要API函数
- autobox：自动检测盒子。
autobox [extending] - getbox：根据选择的对象获取盒子。
getbox [selection = (sele), [extending = 5.0]] - resibox：根据输入的残基获取盒子。
resibox [Residues String, [extending = 5.0]] - showbox：根据输入的坐标显示盒子。
showbox [minX, maxX, minY, maxY, minZ, maxZ]
示例代码
- 自动检测盒子：
autobox - 从选择中获取盒子：
getbox (sele), 6.0 - 根据残基获取盒子：
resibox resi 234 + resn HEM, 6.0 - 显示盒子：
showbox 2,3,4,5,6,7
项目安装方式
安装步骤
- 下载插件压缩包。
- 打开PyMOL，进入
Plugin->Plugin Manager。 - 选择
Install New Plugin，找到并选择GetBox Plugin.py文件。 - 安装完成后，重启PyMOL。
- 重启后，在PyMOL的Plugin菜单中会看到一个新的菜单项
GetBox Plugin，表示安装成功。
注意事项
- 确保PyMOL版本支持插件安装。
- 安装过程中如有问题，请参考项目Wiki或联系开发者。
通过以上步骤，您可以顺利安装并使用GetBox-PyMOL-Plugin插件，进行对接盒子的计算和分析。