Making-it-rain 使用教程
项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ma/making-it-rain 1. 项目介绍
Making-it-rain 是一个开源项目，旨在利用云计算技术，通过Jupyter笔记本在Google Colab上运行分子动力学（MD）模拟。该项目使用了OpenMM引擎以及AMBER和CHARMM力场文件。这个项目是论文 "Making it rain: Cloud-based molecular simulations for everyone" 的补充材料，主要目标是展示如何利用云计算的强大功能，以便宜且可行的方式运行微秒级的MD模拟。
2. 项目快速启动
在开始之前，请确保你已经有一个Google账户，并且能够访问Google Colab。
# 克隆项目仓库到本地
git clone https://github.com/pablo-arantes/making-it-rain.git
# 打开终端并导航到项目目录
cd making-it-rain
# 启动Colab笔记本
# 注意：以下命令假设你已经安装了Google Colab的命令行工具
colab notebook README.ipynb
在Colab笔记本中，你将需要运行一个CondaColab单元格来安装所需的依赖项。安装完成后，笔记本会重新启动，这是正常现象。等待重启完成后，你可以继续运行其他单元格。
3. 应用案例和最佳实践
3.1 使用AMBER生成拓扑和构建模拟盒子
AMBER是一个生物分子模拟程序套件，用于生成拓扑和构建模拟盒子。在项目的 AMBER_INPUTS 文件夹中，你可以找到相关的输入文件和示例笔记本。
3.2 使用CHARMM-GUI输入
CHARMM-GUI是一个图形界面，用于生成CHARMM力场的输入文件。在项目的 CHARMM_GUI 文件夹中，你可以找到使用这些输入的示例。
3.3 AlphaFold2+MD模拟
结合AlphaFold2和MD模拟，可以生成蛋白质模型并进行MD模拟。在 AlphaFold2+MD 文件夹中，你可以找到相应的笔记本和示例。
3.4 蛋白质-配体模拟
在 Protein_Ligand 文件夹中，你可以找到使用AMBER生成拓扑和构建模拟盒子的蛋白质-配体模拟的示例。
4. 典型生态项目
4.1 GLYCAM
GLYCAM是一个用于糖分子模拟的力场服务器。在项目的 GLYCAM 文件夹中，你可以找到使用GLYCAM输入的示例。
4.2 DRUDE
DRUDE是CHARMM-GUI中的一个工具，用于准备Drude模型。在 Drude 文件夹中，你可以找到相关的输入和示例。
4.3 Martini+cg2all
这个项目使用Vermouth库生成Martini力场的蛋白质系统拓扑，并用cg2at从粗粒度（CG）表示预测全原子轨迹。
通过以上模块，用户可以快速了解并开始使用Making-it-rain项目，进行分子动力学模拟的相关研究。