版权声明：本文为博主原创文章，未经博主允许不得转载。python版本为python3，实例都是经过实际验证。 https://blog.csdn.net/jinxiaonian11/article/details/85341995
1. 硬件配置
- 处理器是两颗10核20线程处理器，可用线程数为40。
- 数据硬盘由8块8T硬盘（4块原装，4块购买1）组成的RAID5，总共可用空间50T。
2. 系统说明
系统版本：centos 7.5（core 4.4-lt）
3. 软件说明
3.1 已安装软件
| Software | Version | Software | Version |
|---|---|---|---|
| AFNI | 18.3.11 | FSL | 6.0.0 |
| Freesurfer | 6.0 | Matlab | 2017b |
| fMRIPrep | 1.2.5 | Python3 | 3.7 |
3.2其他软件
- python
系统默认python版本是python3.7.1，如果需要使默认版本变为python2，在.bashrc文件中修改关于python3的环境变量注释掉，将下面代码
# python3
export PATH=/usr/python3/bin:$PATH
变成如下便可：
# python3
# export PATH=/usr/python3/bin:$PATH
- git
使用git clone 的使用有两种方式：
git clone [email protected]:edickie/ciftify.git # 使用ssh
git clone https://github.com/edickie/ciftify.git #使用https
需要注意的是，第一次使用第一种需要自己配置rsa，方法见：https://blog.csdn.net/jinxiaonian11/article/details/82465614 中的3
如果不想配置rsa，则直接使用第二种，在clone的时候需要在github上选对链接种类，见下图。
- fmriprep
由于fMRIPrep运行需要很多依赖，都已安装好，为了保证版本正确，请在bashrc文件中添加以下变量，并保证没有已有变量与其重复。
# nodejs
export NODE_JS=/usr/local/nodejs
export NPM=$NODE_JS/lib/node_modules/npm/bin/
export PATH=$PATH:$NODE_JS/bin/:$NPM
# afni
export PATH=$PATH:/usr/local/afni
# ANTs
export ANTS_DIR=/usr/local/ants/
export PATH=$PATH:$ANTS_DIR/bin
# C3D
export C3D=/usr/local/c3d/bin
export PATH=$C3D:$PATH
# ica-aroma
export ICA_AROMA=/usr/local/ica-aroma
export PATH=$PATH:$ICA_AROMA
# freesurfer
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
FS_FREESURFERENV_NO_OUTPUT=1
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
export FS_LICENCE=$FREESURFER_HOME/license.txt
# FSL
export FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
export PATH=$PATH:$FSLDIR/bin
#python3
export PYTHON3_HOME=/usr/python3/bin
export PIP_HOME=/usr/python3/lib/python3.6/site-packages
export PATH=$PYTHON3_HOME:$PIP_HOME:$PATH
使用命令：
fmriprep data_dir work_dir participant
data_dir 是数据目录，符合BIDS
work_dir 是输出目录，需要很大的空间
bliu ↩︎