即在一个Project下(MyEclipse中为工作空间)新建一个Module。
点击，在弹出框上打一个勾，如下图：
点Next，输入项目名，如下图：
点Finish，
右键WEB-INF，新建2个Directory：classes和lib，
文件->打开项目结构，左侧选择模块，选择要设置的模块，右侧选择Paths，选择Use module compile output path，设置Output path和Test output path这两个路径为刚才创建的classes目录，如下图：
选择Dependencies，点最右侧加号，选择jars or 目录，选择刚才新建的lib目录，如下图：
点OK，选择jar 目录，点OK。至此新建web项目OK。
配置tomcat容器
点最左上角加号，如下图：
输入新服务名，点击Application server后面的Configure，弹出窗体，选择本地安装的tomcat，如下图：
在点Edit Configurations后弹出的窗体中的Server选项中取消勾选After launch。至此配置tomcat容器OK。
下面链接供参考
http://how2j.cn/k/idea/idea-web-project/1352.html