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升级你的QGIS到3.8或以上
这在3.4.x和3.6.x都存在同样的问题。在老版本QGIS重，如果新建一个GeoPackage，先存入栅格数据就没有这个问题，但是如果这个GeoPackage先存入的是矢量数据，不管准备存入的栅格数据是否存在于这个gpkg中，都会提示已经存在此栅格数据是否覆盖，如果选yes，整个gpkg原来的所有数据都会清空。
这是一个严重的问题，已经在3.8.x版本中得到了解决。
错误报告页面：
https://issues.qgis.org/issues/20848
问题已经在3.8的新特性中得到解决：
因此我决定卸载我电脑上的3.4.7版本的QGIS