RDKit | 基于RDKit去除片段（盐或络合物等）

简介

如果mol文件或smiles包含多个化合物（片段），则会干扰后续的描述符计算等。

环境

• Python3.6
• RDKit 2019.09.1.0

去除盐

导入库

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.SaltRemover import SaltRemover

载入数据

smis = ("CN(C)C.Cl", "CN(Br)Cl.Cl", "CC(=O)O.[Na]", "CN(C)C.Cl.Br")

去除盐

remover = SaltRemover(defnData="[Cl,Br]")
for smi in smis:
    mol = Chem.MolFromSmiles(smi)
    mol2 = remover.StripMol(mol)
    smi2 = Chem.MolToSmiles(mol2)
    print(smi + "->" + smi2)