Installieren und implementieren Sie den Singularity-Container unter einem Linux-System

In den folgenden beiden Blogs:

Apropos Singularity Container_Boy Lis Blog-CSDN-Blog

Allgemeine Befehle für Singularity container_ubuntu uninstall singularity_Boy Lis Blog-CSDN-Blog

Wir haben den Singularity-Container bzw. die allgemeinen Befehle des Singularity-Containers vorgestellt. Ich glaube, dass jeder mit dem Hochleistungs-Computing-Container Singularity vertraut ist. Dieses Mal konzentrieren wir uns auf die Beschreibung der Installation und Bereitstellung des Singularity-Containers.

Die Installation des Singularity-Containers gliedert sich grob in die folgenden drei Schritte:

• Installieren Sie Go
• Laden Sie Singularity herunter
• Kompilieren Sie den Singularity-Quellcode

1. Installieren Sie Go

Singularity v3 und höher sind hauptsächlich in der Go-Sprache geschrieben, daher müssen Sie Go installieren, um den Quellcode zu kompilieren.

Was den Download von Go betrifft, können Sie je nach Bedarf die entsprechende Version zum Herunterladen auf der folgenden Webseite auswählen.

Alle Veröffentlichungen – Die Programmiersprache Go. Alle Veröffentlichungen – Die Programmiersprache Go

 Hier wählen wir go1.20.5.linux-amd64.tar.gz für Linux-Systeme.

Nachdem der Download abgeschlossen ist, extrahieren Sie ihn in das Verzeichnis /usr/local und legen Sie die entsprechenden Umgebungsvariablen fest.

tar -C /usr/local -xzvf go1.20.5.linux-amd64.tar.gz

Legen Sie die Umgebungsvariable so fest, dass sie auf Go:PATH zeigt

echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:$PATH' >> ~/.bashrc && \
  source ~/.bashrc

Hinweis: Wenn das Go-Programm zuvor heruntergeladen und im System installiert wurde, muss es gelöscht oder ersetzt werden

go rm -r /usr/local/go

2. Laden Sie Singularity herunter

Sie können Singularity von einer dieser Versionen herunterladen. Eine vollständige Liste finden Sie auf  der GitHub-Releases-Seite . Sobald Sie festgelegt haben, welche Version Sie installieren möchten, können Sie den folgenden Befehl ausführen, um die Installation fortzusetzen.

 Wenn Sie andere Versionen herunterladen müssen, können Sie zum Ende scrollen und die Seite zum Herunterladen umblättern oder den Download direkt in der Befehlszeile angeben.

$ export VERSION=3.7.3 && # adjust this as necessary \
    wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${VERSION}/singularity-${VERSION}.tar.gz && \
    tar -xzf singularity-${VERSION}.tar.gz && \
    cd singularity

3. Kompilieren Sie den Singularity-Quellcode

Jetzt sind Sie bereit, Singularity zu bauen. Abhängigkeiten werden automatisch heruntergeladen. Sie können Singularity mit dem folgenden Befehl erstellen:

$ ./mconfig && \
    make -C builddir && \
    sudo make -C builddir install

Es ist zu beachten, dass Singularity für eine ordnungsgemäße Ausführung unter dem Root-Benutzer installiert werden muss.

4. Installationsüberprüfung

Überprüfen Sie, ob die Installation erfolgreich war:

Mit der Befehlszeilenschnittstelle von Singularity können Sie Container transparent erstellen und mit ihnen interagieren. Sie können Container so ausführen, als würden sie auf Ihrem Hostsystem ausgeführt. Sie können E/A einfach umleiten, Pipes verwenden, Parameter übergeben und auf Dateien, Sockets und Ports auf dem Hostsystem im Container zugreifen.

Mit dem Singularity-Hilfebefehl können Sie sehen, wie Sie Singularity für die Interaktion mit dem Linux-System verwenden.

 

5. Eine andere Möglichkeit ist die Yum-Installation

yum update -y 
yum install -y singularity

oder:

yum installiert Singularity und abhängige Pakete.

yum install -y singularity-runtime singularity libseccomp-devel golang git socat gcc