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NCBI-SRA 데이터베이스 및 EBI-ENA 데이터베이스
출판 된 문헌에있는 대부분의 고 처리량 시퀀싱 데이터는 다른 사람들이 다운로드, 연구 및 재연 구할 수 있도록 데이터베이스에 업로드되며, 그중 가장 널리 사용되는 것은 당연히 NCBI의 SRA 데이터베이스입니다. 동시에 EBI의 ENA 데이터베이스는 데이터 다운로드에 많은 편의성을 제공하므로 파일을 다운로드하기 전에이 두 데이터베이스의 상황을 이해하십시오.
NCBI와 EBI는 INSDC : International Nucleotide Sequence Database Collaboration에 속하며 세 데이터베이스에 제출 된 데이터는 상호 운용 될 수 있습니다. 구조의 내용은 다음과 같습니다.
- NCBI : 국립 생명 공학 정보 센터
- EBI : 유럽 생물 정보학 연구소
- DDBJ : DNA Data Bank of Japan
SRA 데이터베이스 : 시퀀스 읽기 아카이브,
- 고 처리량 시퀀싱 데이터, 비교 정보 및 메타 데이터를 저장하는 데이터베이스입니다. 기본적으로 게시 된 문서의 모든 고 처리량 시퀀싱 데이터가이 데이터베이스에 업로드됩니다.이 데이터베이스는 NCBI에 속합니다.
- SRA 데이터베이스
의 메타 데이터 : 실험 목적, 실험 설계, 시퀀싱 플랫폼, 샘플 데이터 (종, 균주, 개별 표현형 등) 등 시퀀싱 실험 및 실험 샘플과 관련된 데이터를 의미합니다. SRA 데이터베이스에서는 meta 데이터는 다음 수준으로 저장됩니다.
[1] 연구 주제 (연구) : SRA 데이터베이스에서 연구 주제의 식별 번호 앞에DRP，ERP 또는 낫처음.
[2] 샘플 정보 (샘플) : 샘플의 검색 번호는 접두사 DRS, ERS 또는 SRS로 시작합니다. 샘플 정보에는 종 정보, 균주 (균주) 정보, 가족 정보, 표현형 데이터, 임상 데이터, 조직 유형 등이 포함될 수 있습니다.
[3] 실험 정보 (실험) : 실험의 검색 번호가 접두사로 지정됩니다.DRX，ERX또는 SRX처음. PubMed 데이터베이스의 모든 아티클이 PubMed 데이터베이스의 기본 단위 인 것처럼 실험은 SRA 데이터베이스의 가장 기본적인 단위입니다. 실험은 연구 주제의 일부입니다. 하나 이상의 샘플이 시퀀싱되고 결과 시퀀싱 데이터가 실행 형태로 SRA 데이터베이스에 저장됩니다.
[4] 시퀀스 데이터 : 하나의 단위로 실행하여 SRA 데이터베이스에 저장된 시퀀스 및 품질 정보 등을 포함합니다. 실행 검색 번호는DRR，ERR 또는 SRR 처음.
ENA 데이터베이스 : European Nucleotide Archive
- EBI에 속하며 기능면에서 SRA와 유사해야하지만 검색 인터페이스가 사람들에게 더 친숙하고 fastq 파일을 다운로드하고 다운로드 한 데이터의 무결성을 확인하는 데 더 친숙하므로 먼저 사용하는 것이 좋습니다. .
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ENA 데이터베이스의 장점
[1] fastq 파일을 직접 얻을 수 있습니다.
[2] ENA 데이터베이스를 사용하는 또 다른 장점은 다운로드 한 데이터의 무결성을 확인할 수 있다는 것입니다. 많은 양의 인적 데이터로 인한 긴 다운로드 시간 (기간 동안 네트워크가 비정상적인 경우 네트워크가 변동될 수 있음)은 일반적으로 획득 초기 단계에서 찾기 어려운 다운로드 데이터 부족과 같은 문제를 일으킬 수 있습니다. 자료. ENA 데이터베이스는 데이터의 무결성을 확인하기 위해 md5 코드를 제공합니다. -
ENA 데이터베이스 사용
먼저 데이터베이스 페이지의 오른쪽 상단에있는 검색 창에 대상 SRA 검색 번호를 입력하고 확인 후 잠시 기다려 결과 페이지를 가져옵니다.
둘째, 실험을 클릭하여 선택하여 실험의 모든 시퀀싱 시퀀스 데이터 정보를 가져옵니다.
실험에 속하는 두 개의 시퀀스 데이터 정보를 볼 수 있으며 FASRTQ 파일 (FTP) 열에서 직접 fastq 파일을 다운로드하기위한 FTP 주소를 얻을 수 있습니다.
fastq 파일을 직접 다운로드하기위한 FTP 주소 가져 오기
