Linux에 PyMOL의 오픈 소스 버전 설치
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오픈 소스 철학
최근 몇 년 동안 티크에 대한 다양한 금수 조치 위협 은 모두에게 명백합니다. 옆집의 석공 (HIT 학생들은 스스로를 "노동자"라고 부르고 "메이슨"이라고 부릅니다)은 MATLAB을 사용하여 경쟁에 참여할 수 없습니다. 따라서이 기사에서는 PyMOL의 오픈 소스 버전을 설치합니다 (상용 버전 및 크랙 버전과 명확하게 구분하기 위해).
이 기사는 무엇입니까
이 기사는 Linux에서 PyMOL의 오픈 소스 버전을 설치하기위한 체크리스트 튜토리얼입니다.
이 기사가 아닌 것
이 기사는 여전히 여성용 드레스 튜토리얼이 아닙니다.
PyMOL 소개
PyMOL은 유명한 컴퓨터 지원 약물 설계 개발자 인 Schrödinger가 출시 한 단백질 시각화 소프트웨어입니다. 상용 소프트웨어 인 PyMOL은 오픈 소스, 교육용 및 상용 버전으로 나뉩니다. Schrödinger 회사도 식사를 할 예정이므로 오픈 소스 버전은 기능이 약간 제한됩니다. PyMOL의 오픈 소스 및 상용 버전 간의 관계는 Visual Studio Code와 Visual Studio 간의 관계와 유사합니다.
환경 조성
PyMOL과 chempy 및 다른 패키지 간의 충돌로 인해 기본 환경에 충돌하는 패키지를 너무 많이 설치하면 Gu를 올리는 것과 같습니다. 따라서 PyMOL이 Anaconda 기본 환경에서 분리되도록 "pymol"이라는 가상 환경을 만듭니다.
source ~/anaconda3/bin/activate root
# 启动Anaconda默认环境
conda create -n pymol
# 创建pymol环境
conda activate pymol
# 启动pymol环境
코드를 한 줄씩 입력하고 완료 후 터미널을 닫지 말고 다음 단계에서 사용하는 것이 좋습니다.
PyMOL 휠 및 종속성 설치
가상 환경에서 PyMOL 및 필수 numpy, mkl 및 pmw 패키지 설치를 완료했습니다.
알 수없는 이유로 pip가 정상적으로 배포되지 않으므로 먼저 pip를 설치 한 다음 numpy, mkl, pmw를 설치하십시오.
conda install pip
pip install numpy mkl pmw -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
분명히 사악한 자본가 Schrödinger 회사는 PyMOL 소프트웨어의 오픈 소스 버전을 쉽게 얻을 수 없게합니다. 이기는 하지만
University of California, Irvine은 빌드 된 오픈 소스 휠을 제공하지만 제공된 whl 파일은 Windows 시스템에만 적용 할 수 있습니다 (여기에서 구덩이를 밟았습니다). 그래서 우리는 처음부터 컴파일해야합니다.
읽기 전에 여기에서 읽으시기 바랍니다
이 시점에서 나는 관련 콘텐츠가 내가 잘하는 것이 아니라는 것을 발견했습니다. 또한 PyMOL은 실험 과정의 마지막 단계인데, Windows 시스템에서 관련 작업을 완료하는 것이 좋지 않습니까? 우분투를 사용하려면 스스로를 고문해야합니다. 따라서이 기사는 여기서 끝납니다. 독자가 여전히 처음부터 컴파일을 시도한다면 다음 정보만으로도 관련 단계를 완료 할 수 있습니다.