gtsummary包提供了一种优雅而灵活的方式来创建可供发表的分析表和汇总表。gtsummary包可以总结数据集、回归模型结果等。总结数据集即对数据进行描述统计，与我们之前介绍的table1包相似。详见：R实战 | 文章第一表:三线表的绘制。今天我们主要介绍回归模型结果表达绘制。
绘制
# 安装并加载包
install.packages("gtsummary")
library(gtsummary)
# 示例数据
head(trial)> head(trial)
# A tibble: 6 × 8
trt age marker stage grade response death ttdeath
<chr> <dbl> <dbl> <fct> <fct> <int> <int> <dbl>
1 Drug A 23 0.16 T1 II 0 0 24
2 Drug B 9 1.11 T2 I 1 0 24
3 Drug A 31 0.277 T1 II 0 0 24
4 Drug A NA 2.07 T3 III 1 1 17.6
5 Drug A 51 2.77 T4 III 1 1 16.4
6 Drug B 39 0.613 T4 I 0 1 15.6# 建模
mod1 <- glm(response ~ trt + age + grade, trial, family = binomial)
# tbl_regression()绘制表格
t1 <- tbl_regression(mod1, exponentiate = TRUE)
t1
# 合并多种回归结果表
library(survival)
# 生存模型
t2 <-
coxph(Surv(ttdeath, death) ~ trt + grade + age, trial) %>%
tbl_regression(exponentiate = TRUE) # 这里用了管道符简化
t2
# merge tables
tbl_merge_ex1 <-
tbl_merge(
tbls = list(t1, t2),
tab_spanner = c("**Tumor Response**", "**Time to Death**")
)
tbl_merge_ex1
导出结果
# 保存为.html .tex .ltx .rtf
tbl_merge_ex1 %>%
as_gt() %>%
gt::gtsave(filename = "tbl_merge_ex1.html") # use extensions .html .tex .ltx .rtf
# 保存为word
install.packages('gdtools')
install.packages('flextable')
tf <- tempfile(fileext = ".docx")
tbl_merge_ex1 %>%
as_flex_table() %>%
flextable::save_as_docx(path = tf)更多详细参数设置：Tutorial: tbl_summary • gtsummary (danieldsjoberg.com)(https://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/articles/tbl_summary.html)
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参考
Presentation-Ready Data Summary and Analytic Result Tables • gtsummary (danieldsjoberg.com)
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