母核（core）通常是指一些经典的、具有良好的化学性质和结构特征的小分子结构单元，具有较高的药物活性和生物活性，常用于药物发现和设计中。母核通常可以用一个简单的化学式或 SMILES 表示。在进行化合物设计时，以母核为基础进行结构修饰可以节省发现新药物的时间和成本。
而 scaffold 一般是指化合物的主体骨架，超出该骨架的部分被认为是可替换的“侧链”区域。在进行大规模化合物筛选时，研究人员通常会将一批化合物的结构转化为它们的 scaffold，然后以 scaffold 作为模板进行进一步筛选和优化。
虽然母核和 scaffold 都是指化合物的核心结构，但是它们在具体使用上还是有一些区别的，其中一些主要差异包括：
- 母核的作用更多是用于进行结构修饰，是设计药物时的基础；而 scaffold 更多用于快速筛选和优化大量已有化合物的结构。
- 母核通常是一个精细设计的结构单元，具有较高的生物活性和药物活性，常用于首次设计新药物；而 scaffold 更多依赖于已有结构或数据进行筛选和优化，能够快速生成大量可能的结构。
- 母核的范围相对较小，常常是一些特定的小分子结构单元；而 scaffold 的范围更广，可以是一个分子中除去“可替换”部分后剩余的骨架。
母核通常是人为定义的，scaffold是通过计算机程序确定的。可能计算机对两个化合物得到scaffold，它们的scaffold是不一样的，但是都具有相同的我们定义的母核。
例如两个分子的scaffold分别是下面这样，但是他们的core可能是一样的，此时我们定义第一个scaffold为母核：
