植物学中常用的数据库 | 水稻

《植物学数据库》专题往期文章：

1. 植物学中常用的数据库 | 通用数据库

2. 植物学中常用的数据库 | 拟南芥

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植物学中常用的数据库 | 水稻

1. 国家水稻数据中心 http://www.ricedata.cn/index.htm

国家水稻数据中心是中国水稻研究所创建的一个以水稻为核心，服务于育种需求的大型数据库，数据包含种质、突变体、分子标记、基因、QTL、文献资源等。

2. 粳稻日本晴基因组注释计划 http://rapdb.dna.affrc.go.jp/

3. 粳稻日本晴基因组注释计划 http://rice.plantbiology.msu.edu/
水稻基因组注释项目数据库（RGAP），主要提供水稻基因组序列和注释数据。

4. 水稻功能基因组表达数据库 http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE

**5. 水稻遗传学和基因组学数据库 ** https://shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/

Oryzabase是一个综合性水稻科学数据库，该数据库最初旨在收集尽可能多的信息.

6. 水稻基因共表达数据库 https://ricefrend.dna.affrc.go.jp/

7. 水稻表达谱数据库 https://ricexpro.dna.affrc.go.jp/index.html

8. 水稻基因组变异及其功能注释综合数据库 http://ricevarmap.ncpgr.cn/v2/
   

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本文是数据参考来源：

1. https://mp.weixin.qq.com/s/-KKBsCF9CTFxfa-K9w6HOQ
2. https://mp.weixin.qq.com/s/OLiYgyU56ePBNIOjZaQXyw

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往期文章：

1. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）

• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码一

• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码二

• WGCNA分析 | 全流程代码分享 | 代码三

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2. 精美图形绘制教程

• 精美图形绘制教程

3. 转录组分析教程

• 1.课程介绍
• 2.第一章 Linux基础
• 3.第一章 生信软件安装
• 4.第二章 转录组数据的下载
• 5.第三章 参考基因组序列和注释文件的下载
• 6.转录组上游分析教程 | 第四章 数据过滤
• 7.第四章 Hisat2进行数据比对
• 8.第四章 Bowtie2进行数据比对
• 9.第四章 BWA进行数据比对
• 10.第四章 Tophat2比对
• 11.第五章 无参考基因组的转录组分析
• 12.第六章 转录本定量分析

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小杜的生信筆記，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!