LDBlockShow安装报错
使用conda安装了LDBlockShow之后，在使用过程中出现以上报错，提示“Can't locate SVG.pm in @INC xxx /bin/ShowLDSVG line 24”，这个报错的原因是缺少Perl语言的SVG模块，本篇笔记提供一个方法，解决LDBlockShow安装和使用的过程中的问题。
使用conda安装LDBlockshow
在Linux系统中，先使用conda创建一个新的环境，然后激活环境，运行安装命令。
conda install -c bioconda ldblockshow
## Package Plan ##
environment location: /home/zhaojiwen/data_HD/miniconda3/envs/GWAS
added / updated specs:
- ldblockshow
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
ldblockshow-1.40 | pl5262h9a82719_0 105 KB bioconda
openssl-3.0.12 | h7f8727e_0 5.2 MB http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main
perl-5.26.2 | h36c2ea0_1008 15.4 MB http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge
perl-svg-2.84 | pl526_0 37 KB bioconda
------------------------------------------------------------
Total: 20.8 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
ldblockshow bioconda/linux-64::ldblockshow-1.40-pl5262h9a82719_0
perl anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::perl-5.26.2-h36c2ea0_1008
perl-svg bioconda/linux-64::perl-svg-2.84-pl526_0
The following packages will be UPDATED:
openssl 3.0.11-h7f8727e_2 --> 3.0.12-h7f8727e_0
Proceed ([y]/n)?
Downloading and Extracting Packages
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
安装完成后，可以通过以下命令进行查询，如果显示如下内容，表示安装成功。
$ LDBlockShow
Usage: LDBlockShow -InVCF <in.vcf.gz> -OutPut <outPrefix> -Region chr1:10000-20000
-InVCF <str> Input SNP VCF Format
-OutPut <str> OutPut File of LD Blocks
-Region <str> In One Region to show LD info svg Figure
-SeleVar <int> Select statistic for deal. 1: D' 2: R^2 3/4:Both [1]
-SubPop <str> SubGroup Sample File List[ALLsample]
-BlockType <int> method to detect Block [beta] [1]
1. Block by PLINK (Gabriel method)
2. Solid Spine of LD RR/D' 3. Blockcut with self-defined RR/D'
4. FixBlock by input blocks files 5. No Block
-InGWAS <str> InPut GWAS Pvalue File(chr site Pvalue)
-InGFF <str> InPut GFF3 file to show Gene CDS and name
-BlockCut <float> 'Strong LD' cutoff and ratio for BlockType3[0.85:0.90]
-FixBlock <str> Input fixed block region
-MerMinSNPNum <int> merger color grids when SNPnumber over N[50]
-help Show more Parameters and help [hewm2008 v1.40]
使用LDBlockShow遇到报错
刚刚安装完成后，如果直接使用，有可能就会出现“Can't locate SVG.pm in @INC ”报错，需要使用cpan安装SVG模块。
安装CPAN
如果系统中没有安装perl和cpan，需要先安装上cpan，方法如下：
-
对于Debian/Ubuntu系统：
bashCopy code
sudo apt-get install cpanminus
-
对于Red Hat/CentOS系统：
bashCopy code
sudo yum install perl-App-cpanminus
安装完成后，使用CPAN安装SVG模块，方法如下：
首先，打开终端并运行以下命令：
cpan
然后在CPAN提示符号中，输入以下命令来安装SVG模块：
install SVG
CPAN将下载、编译和安装SVG模块及其依赖项。
cp lib/SVG/DOM.pm blib/lib/SVG/DOM.pm
cp lib/SVG/Extension.pm blib/lib/SVG/Extension.pm
cp lib/SVG/XML.pm blib/lib/SVG/XML.pm
cp lib/SVG/Element.pm blib/lib/SVG/Element.pm
cp lib/SVG.pm blib/lib/SVG.pm
过程中会出现以下提示信息：
安装成功后，提示如下信息：
此时再重新使用LDBlockShow命令，则不会出现刚刚的报错信息，可以正常使用。
LDBlockShow使用方法
需要的输入文件是vcf格式，有了输入文件之后，运行如下代码即可绘制LD倒三角热图
LDBlockShow -InVCF file.vcf \
-OutPut re5 -Region 1:49670000:50680000\
-OutPng -SeleVar 1
如果有GWAS的数据结果，想在倒三角和上面加上SNP位点的显著性（小曼哈顿图），直接使用-InGWAS参数即可。
所需GWAS示例结果如下：
$ head gwas.pvalue
chr11 24142640 0.00009
chr11 24142660 1.02e-9
chr11 24142669 1e-9
执行命令如下：
LDBlockShow -InVCF Test.vcf.gz \
-OutPut re2 -Region \
chr11:24100000:24200000 \
-InGWAS gwas.pvalue \
-OutPng -SeleVar 1
以上就是关于LDBlockshow使用的简单示例，更多内容请查看官方帮助文档。
参考资料：
https://github.com/hewm2008/LDBlockShow/blob/main/LDBlockShow_Manual_Chinese.pdf
https://blog.csdn.net/yijiaobani/article/details/127498536
https://anaconda.org/bioconda/ldblockshow
本文由 mdnice 多平台发布