稀释曲线和累积曲线的学习
稀释曲线、累积曲线 ： 验证微生物多样性分析中测序数据量是否足以反映样品中的物种多样性的指标。
稀释性曲线(rarefaction curve)：一般是从样本中随机抽取一定数量的个体，统计出这些个体所代表物种数目，并以个体数与物种数来构建曲线。
稀释性曲线（Rarefaction Curve)：采用对测序序列进行随机抽样的方法，以抽到的序列数与它们所能代表OTU的数目构建曲线。
稀释曲线是用来评价测序量是否足以覆盖所有类群，并间接反映样品中物种的丰富程度。也可以用来说明样本的取样大小是否合理。
原理：分析采用对优化序列进行随机抽样的方法，以抽到的序列数与它们所能代表OTU的数目构建rarefaction curve。
表现：稀释性曲线图中，当曲线趋向平坦时，说明取样的数量合理，更多的取样只会产生少量新的OTU，反之则表明继续取样还可能产生较多新的OTU。因此，通过作稀释性曲线，可以得出样品的取样深度情况。
解读上述图，关注两个方面信息：
1.比较不同样本的物种丰富度。在抽取相同序列的条件下，OTU数越 多说明物种丰富度越高。比如当你的取样量为2万，M样本OTU最多，则说明M样本中物种丰富度最高，也可以预测一下，M样本中真实的物种丰富度也最高（取样趋于无穷大时）。
2.说明样本的取样大小是否合理。在稀释性曲线图中，当曲线趋向平坦时，说明取样的数量合理，更多的取样只会产生少量新的OTU，反之则表明继续取样还可能产生较多新的OTU。即可以得出样品的取样深度情况。看你的图在序列量达到2万时，这几条线上升趋势较弱，说明取样量是基本合理的，
物种累积曲线（Species accumulation curves）（稀疏曲线的另一种表达方式），用于衡量 和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度，被广泛用于判断样本量是 否足够并估计群落丰富度(Chao and Shen, 2004)。通过物种累积曲线，不仅可 以估计样本量是否足以反映不同群落间的多样性差异，在样本量足够多的前提下， 也可以大致估计群落多样性的上限 （样本量 >5）。
R图绘制
（待续）