运行时机不太一样。
RUN是在Build时运行的，先于CMD和ENTRYPOINT。Build完成了，RUN也运行完成后，再运行CMD或者ENTRYPOINT。
ENTRYPOINT和CMD的不同点在于执行docker run时参数传递方式，CMD指定的命令可以被docker run传递的命令覆盖，例如，如果用CMD指定：
...
CMD ["echo"]
然后运行
docker run CONTAINER_NAME echo foo
那么CMD里指定的echo会被新指定的echo覆盖，所以最终相当于运行echo foo，所以最终打印出的结果就是：
foo
而ENTRYPOINT会把容器名后面的所有内容都当成参数传递给其指定的命令（不会对命令覆盖），比如：
...
ENTRYPOINT ["echo"]
然后运行
docker run CONTAINER_NAME echo foo
则CONTAINER_NAME后面的echo foo都作为参数传递给ENTRYPOING里指定的echo命令了，所以相当于执行了
echo "echo foo"
最终打印出的结果就是：
echo foo
另外，在Dockerfile中，ENTRYPOINT指定的参数比运行docker run时指定的参数更靠前，比如：
...
ENTRYPOINT ["echo", "foo"]
执行
docker run CONTAINER_NAME bar
相当于执行了：
echo foo bar
打印出的结果就是：
foo bar
Dockerfile中只能指定一个ENTRYPOINT，如果指定了很多，只有最后一个有效。
执行docker run命令时，也可以添加-entrypoint参数，会把指定的参数继续传递给ENTRYPOINT，例如：
...
ENTRYPOINT ["echo","foo"]
然后执行：
docker run CONTAINER_NAME bar #注意没有echo
那么，就相当于执行了echo foo bar，最终结果就是
foo bar
我在dockboard.org上翻译了一篇《15 Docker Tips in 15 Minutes》，其中有讲到RUN、CMD和ENTRYPOINT的不同，你可以参考一下。
另外有一个Docker Quicktips系列，里面有一篇也是讲ENTRYPIONT的,你可以看一下，连接在这里：
http://www.tech-d.net/2014/01/27/docker-quicktip-1-entrypoint/
这个系列的文章翻译我们马上也会添加到dockboard.org的，敬请关注一下哈。
另外这里有官方文档中对entrypoint的说明：http://docs.docker.io/en/latest/reference/builder/#entrypoint
http://unixman.blog.51cto.com/10163040/1677744
https://segmentfault.com/q/1010000000417103