第1章
介绍
Amira是一款3D数据可视化，分析和建模系统。它使您能够从各种应用领域可视化科学数据集，例如医学，生物学，生物化学，显微学，生物医学，生物工程。三维数据可以快速探索，分析，比较和量化。 3D对象可以表示为适合于数值模拟的图像体积或几何表面和网格，特别是三角形表面和体积四面体网格。 Amira提供了从表示图像体积的体素数据生成这样的网格的方法，它包括一个通用交互式3D查看器。
Amira是一个功能强大，多方面的软件平台，用于可视化，操纵和理解来自各种来源和模式的生命科学和生物医学数据。作为显微镜和生物医学研究中首选的三维可视化工具，Amira已经成为越来越复杂的产品，在生命科学的所有可视化和模拟领域提供强大的可视化和分析功能。
•多用途 - 一个可视化，分析和展示的平台
•灵活 - 选项包可根据您的需求配置Amira
•高效 - 利用最新的图形卡和处理器
•易于使用 - 直观的用户界面和出色的文档
•成本效益 - 多种选择和灵活的许可证模式
•处理大量数据 - 特定阅读器可轻松访问大型数据集
•可扩展 - 用于技术扩展和定制的C ++编码向导
•支持 - 通过高水平的互动提供直接的客户支持
•创新 - 技术始终更新为最新的创新
1.1节（概述）简要介绍了Amira的基础知识，即面向对象的设计和数据对象和模块的概念。
第1.2节（功能）总结了Amira的主要功能，例如直接体绘制，图像处理和曲面简化。
1.3节（扩展）简要描述了可选的扩展名Amira以及它们的用途。
第1.4节（系统要求）提供了系统特定的信息。
第1.5节（Amira许可证管理器）用于输入和管理Amira许可证密码的详细信息。 1.6节（第一步）提供了关于本指南中包含的教程的提示。
第1.7节（联系与支持）为您的技术支持，许可证管理员或销售代表提供联系信息。
请注意，Amira仅供研究使用。它不是一个医疗设备。
第2章
入门
在本节中，您将学习如何
1.启动程序。
2.将演示数据集加载到系统中
3.调用编辑器编辑数据
4.将可视化模块连接到数据
5.与3D查看器进行互动。
以下文本具有简短的分步教程的形式。每一步都建立在前面描述的步骤上。我们建议您在线阅读文本并直接在计算机上执行说明。说明以点表示，因此您可以在不阅读说明之间的解释的情况下快速执行它们。
第3章
教程：可视化和处理二维和三维图像
Amira为导入，可视化和处理2D和3D图像提供了广泛的支持。有关相关功能的概述，请参阅第1.2节。本章中的教程介绍了以下主题：
•读取图像 - 如何读取图像
•可视化3D图像 - 切片，等值面，体绘制
•多平面查看器介绍 - 使用a可同时查看一个或两个数据集
多平面重建
•强度范围分区 - 3D图像数据的分割
•图像分割 - 3D图像数据的分割
•光学显微镜解卷积 - 用于提高微观质量的强大算法 -
透视图像
•使用多通道图像 - 可视化多通道图像数据
•追踪电子断层扫描中的丝状结构 - 如何提取管状中心线
来自电子断层图的结构
第4章
教程：高级图像处理，分割和分析
以下教程需要Amira XImagePAQ Extension许可证。
•开始使用高级图像处理和定量分析 - 使用Amira进行图像处理和分析的基础知识
•细胞分析教程 - 测量和量化多个物体，如细胞，囊泡或泪点
（生物医学成像）
•例子：
•测量催化剂 - 掩蔽和距离图
•分离，测量和重建 - 流域分离
•泡沫中孔径的分布 - 自定义测量
•泡沫材料的平均厚度 - 分离厚度
•分水岭分割 - 高级分割
•关于图像过滤的更多信息 - 减少图像噪点或伪影或增强感兴趣的特征
•更多关于标签的措施 - 管理几组措施
第5章
教程：3D图像的曲面，网格，骨架和建模几何
Amira允许用户创建来自各种类型数据的几何模型：来自点集的曲面，来自3D图像的曲面，来自曲面的四面体网格，来自3D图像的中心线空间图。有关相关功能的概述，请参阅功能概述部分。本章中的教程介绍了以下主题：
•表面重建 - 从3D图像重建表面
•网格生成 - 从三角形表面创建四面体网格
•高级曲面和网格生成 - 从3D图像中提取几何模型
•3D模型和数值数据的可视化和分析
•细丝编辑器简介 - 提取复杂的细丝三维网络tous结构
•骨架化 - 分析3D图像中的网络或树状结构
第6章
注册，对齐和数据融合
空间配准是关于将两个或多个数据集对齐或叠加到同一个坐标系中。在注册时，通常将其中一个数据集作为参考，另一个数据集进行转换 - 移动并可能重新缩放 - 直到两个数据集匹配。注册数据可以由不同的传感器，不同的时间，不同的物体区域，或不同的样本或模型生成。图像注册方法可以是手动，自动或半自动。与注册密切相关的是数据融合的任务，即注册数据集的同时可视化或组合到派生数据中。
根据您的目的和您的数据 - 几何表面，二维图像堆栈或三维体积，可以在Amira中使用与注册相关的各种工具。 Amira的注册用途广泛，包括：
•参考模型和名义/实际分析和逆向工程的产品工业检验，
•多模式图像采集，如CT / MRI（计算机断层扫描，磁共振成像，nance Imaging），
•FIB-SEM /μ-CT（聚焦离子束扫描电子显微镜，显微成像），
•相关显微镜，
•从2D截面重建3D图像，
•物理实验或过程的成像 - 例如，受热，淹没，压力，
•3D蒙太奇拼装 - 合并小体重叠的3D卷。
以下教程和示例提供了典型注册任务的基础知识。
•使用变换编辑器开始空间数据注册
•数据融合，比较和合并数据
•注册地标，翘曲表面和图像
•3D图像数据集的注册
•使用不同的成像模式进行注册
•二维图像堆栈的对齐
•使用FIB堆栈向导进行FIB / SEM图像堆栈的对齐和预处理
•3D表面的注册
您应该熟悉Amira的基本概念以遵循这些教程。尤其是，您应该能够加载文件，与3D查看器交互，并将模块连接到数据模块。所有这些主题都在Amira第2章 - 入门中讨论。在大多数情况下，推荐使用教程部分6.1.1使用变换编辑器作为起点。然后，您可以跳转到您的特定任务的主题。特别是2D切片对齐教程可以独立阅读。
这些教程涵盖了常见的用例。对于与这些用例不同的具体要求或应用，您可以联系FEI热线进一步讨论。
第7章
动画和电影
本章中的教程介绍了以下主题：
•创建动画 - 使用动画导演创建动画
•使用Movie Maker模块创建电影文件
第8章
用户界面组件，一般概念，启动
本章包含Amira界面组件，数据类型，一般概念和启动选项的描述。不需要对Amira有深入的了解以了解以下各节，但最好查看第1.6章（Amira中的第一步）中包含的一个教程，特别是第2节中描述的第一个教程（入门）。
第9章
自动化，自定义，扩展
Amira XNeuro扩展用户指南
第10章
概观
Amira XNeuro Extension是专门面向神经科学领域用户的Amira扩展。该选项提供了一组模块，用于分析人类（或脊椎动物）大脑的图像。
Amira XNeuro扩展许可证支持以下模块：
•ComputePerfusion
•ComputeTensor
•ComputeTensorOutOfCore
•CreateGradientImage
•EigenvectorToColor
•ExtractEigenvalues
•FiberTracking
•TensorDisplay
第十一章
转换为Talairach坐标
人脑的Talairach或立体定位坐标系统用于描述大脑结构的位置，而不依赖于大小和整体形状的个体差异。 Convert to Talairach坐标教程解释了如何使用ConvertTalairach脚本对象来半自动地将大脑与Talairach坐标系对齐。该模块要求用户定义三个地标：
•前连合
•后连合
•中矢面的优越部分
然后这三个界标用于将数据对象转换为Talairach坐标系统，其中右半球具有正X值，前部具有正Y值，并且上部具有正Z值;前连合处于坐标系的原点。
第12章
大脑映射
第13章
扩散张量成像
弥散加权成像（DWI）和扩散张量成像（DTI）是相对较新的成像技术，旨在识别和可视化其他图像技术不可见的活体组织中的纤维束，肿瘤或中风区等结构。 Amira提供了一组模块和脚本，可以让用户进行彻底的DTI分析。以下部分通过使用临床数据的教程来解释这些模块的用法。数据集由教授慷慨提供。
A. Brawanski和德国雷根斯堡大学的C. Doenitz博士。我们希望对Amira XNeuro Extension的设计以及Amira在神经科学研究中的应用表示感谢。
第14章
脑灌注
Amira XP和Extension用户指南
第15章
Amira XPand Extension
本文档介绍了如何开发Amira可视化系统的自定义扩展。这样的扩展可能包括文件读取和写入例程，新的可视化模块，数据对象和其他组件。为了能够开发自定义扩展，您需要为Amira开发扩展，简称为Amira XPand Extension。另外，您需要Windows上的Microsoft Visual Studio等C ++开发环境（详情参见15.1.2小节）。
要理解文档，您需要一些C ++编程的基本知识。另外，你应该已经熟悉标准的Amira系统。如果您还不知道Amira，我们建议您阅读Amira用户指南中的教程。
Amira基于许多外部库，如Open Inventor，OpenGL，Qt和Tcl。本文档不提供这些库的文档。它仅仅提供了一些需要了解这些例子的基本提示。一般来说，这将足以编写您自己的标准I / O例程和Amira模块。有关详细信息，请参阅外部库的原始文档。
•简介，包括快速入门指南和升级信息
•开发向导，一个促进开发任务的工具
•文件IO，描述如何写入读取和写入例程
•编写模块，涵盖计算和显示模块
•数据类，如何使用它们以及如何从中派生
•记录模块并将其集成到用户指南中
•文档标记语言，可在联机文档中找到，描述所有com-
可以在记录Amira资源时使用
•杂项，资源文件摘要，保存Amira项目等。
注意：最新的开发者文档可以在Amira文档中找到
部分（http://www.fei.com/software/amira-3d-resources/）。
第四部分
Amira XMolecular Extension用户指南
第16章
Amira X分子扩展引言
Amira XMolecular Extension是一个Amira扩展，为可视化以及分子和动态分子数据的分析提供支持。
Amira XMolecular Extension文档分为以下几部分：
•开始分子可视化
•分子数据结构的结构和相互依赖性
•展示分子的必需品
•Amira XMolecular Extension中的对齐工具
•可视化动态数据
Atom表达式
参考文献：Amira用户指南