1简介3
1.1Overview 4
1.2功能概述4
1.2.1数据导入5
1.2.2查看，导航，交互性5
1.2.3三维图像数据的可视化5
1.2.4图像处理6
1.2.5模型重建7
1.2.6三维模型和数值数据的可视化8
1.2.7一般数据处理和数据分析9
1.2.8Matlab集成10
1.2.9高性能可视化11
1.2.10自动化，定制化，可扩展性11
1.3Extensions 11
1.4系统要求
1.4.1 Amira的优先硬件13
1.4.2硬件如何帮助优化17
1.4.3特殊考虑18
1.5Amira许可证管理器21
1.5.1Contents 21
1.5.2关于阿米拉牌照管理22
1.5.3许可经理的行为22
1.5.4授权故障排除40
1.5.5联系许可证管理员44
1.6 Amira的第一步44
1.7联系和支持45
2Getting Started 47
2.1启动程序47
2.2加载数据49
2.3编辑推荐51
2.4可视化数据51
2.5与查看器交互54
2.6数据导入55
3教程：可视化和处理2D和3D图像57
3.1如何加载图像数据57
3.1.1 Amira文件浏览器58
3.1.2从多个2D切片读取3D图像数据58
3.1.3设置边界框60
3.1.4堆叠切片文件格式60
3.1.5使用大型磁盘数据61
3.1.6使用核心外数据文件（LDA）63
3.2可视化3D图像69
3.2.1正交片70
3.2.2简单的数据分析70
3.2.3重新采样数据72
3.2.4显示等值面73
3.2.5研究数据73
3.2.6Volume Rendering 75
3.3多平面查看器简介81
3.3.1卷数据的检索81
3.3.2使用融合模式探索两个数据集83
3.3.3手动注册两个数据集83
3.4密度范围分区85
3.5三维图像的分割90
3.5.1交互式图像分割91
3.5.2体积和统计测量93
3.5.3阈值分割93
3.5.4改进阈值分割结果94
3.6光学显微镜的解卷积95
3.6.1关于图像解卷积的一般评论96
3.6.2数据采集和采样率97
3.6.3标准解卷积教程98
3.6.4盲解卷积教程103
3.6.5磁珠提取教程106
3.6.6性能问题和多处理112
3.7使用多通道图像117
3.7.1将多通道图像载入Amira 117
3.7.2使用OrthoSlice和MultiChannelField 118
3.7.3使用ProjectionView和MultiChannelField 119
3.7.4使用MultiChannelField的体绘制119
3.7.5在单个Amira网格文件中保存MultiChannelField 123
3.8在电子断层扫描中追踪管状结构123
3.8.1计算归一化互相关123
3.8.2追踪中心线129
3.8.3计算跟踪结果的基本统计数据132
4教程：高级图像处理，分割和分析137
4.1开始使用高级图像处理和定量分析138
4.1.1处理图像138
4.1.2解释为3D图像或2D图像堆栈140
4.1.3获得更多帮助140
4.1.4Binarization 141
4.1.5更多关于二进制图像143
4.1.6关于二值化的更多提示143
4.1.7Separation 144
4.1.8Analysis 144
4.1.9交互选择147
4.1.10基于措施的过滤148
4.1.11用筛分类措施148
4.1.12标签图像150
4.1.13处理磁盘151上的数据
4.1.14Scripting 151
4.1.15Conclusion 152
4.2细胞分析教程152
4.3实施例1：测量催化剂164
4.3.1对象检测和掩码165
4.3.2更多关于地区利益和面具168
4.3.3使用距离图169
4.3.4更多关于距离图172
4.3.5计量分配173
4.4实例2：分离，测量和重建174
4.4.1分水岭算法原理174
4.4.2优先分割175
4.4.3逐步使用Watershed进行分离
4.4.4分离故障排除181
4.4.5过滤单个对象183
4.4.6几何重建185
4.5实施例3：进一步的图像分析 - 泡沫中孔径的分布186
4.5.1第一步：孔隙检测186
4.5.2第二步：毛孔后处理187
4.5.3第三步：自定义测量组定义来确定分配孔径188
4.5.4第四步：自定义度量定义来计算孔隙的球度。 。 。 191
4.6实施例4：进一步的图像分析 - 泡沫材料的平均厚度195
4.6.1多孔性检测196
4.6.2分离表面的检测
4.6.3材料的距离图198
4.6.4材料平均厚度的计算201
4.7Watershed分割201
4.7.1使用分水岭分割向导202分割多相
4.8更多关于图像过滤210
4.8.1选择图像过滤器211
4.8.2调谐图像滤波器212
4.8.3合成图像过滤器214
4.9更多关于标签措施220
4.9.1“测量组选择”对话框220
4.9.2用户措施221
4.9.3可配置的原生度量222
4.9.4关于项目备份223
4.9.5脚本提示224
5教程：3D图像中的曲面，网格，骨架，建模几何体225
5.1 3D图像的表面重建225
5.1.1从分割结果中提取曲面226
5.1.2简化表面226
5.2从三角形表面创建四面体网格228
5.2.1简化表面228
5.2.2编辑表面229
5.2.3四面体网格的生成232
5.3先进的表面和网格生成233
5.3.1开始：从3D图像到表面和网格的工作流程234
5.3.2调整几何提取的分割235
5.3.3生成可控平滑的曲面238
5.3.4使用简化编辑器240
5.3.5使用曲面编辑器242
5.3.6重新排列和导出曲面245
5.3.7生成四面体网格248
5.3.8分配边界条件和输出数据249
5.4 Amira 252三维模型和数值数据的可视化和分析
5.4.1Amira面的特征253
5.4.2 Amira XMesh Extension 254中的支持网格
5.4.3Amira 3D网格的XMesh扩展功能254
5.4.4标量字段可视化255
5.4.5矢量字段可视化256
5.4.6时间相关数据可视化257
5.4.7计算模块258
5.5细丝编辑器介绍258
5.5.1体积数据的检索259
5.5.2自动提取树状树259
5.5.3丝线追踪261
5.5.4Visualize网络263
5.5.5使用分割编辑器提取网络的另一种方法263
5.6Skeletonization 264
5.6.1开始使用Skeletonization：自动骨架模块265
5.6.2显示和导出骨架化结果267
5.6.3骨架化步骤278
5.6.4大数据框架282
6注册，对齐和数据融合289
6.1使用变换编辑器290开始空间数据注册
6.1.1使用变换编辑器290
6.1.2应用变换294
6.1.3数字输入，控制台和脚本命令297
6.1.4变换操纵器300
6.2数据融合，比较和合并数据302
6.2.1颜色清洗302
6.2.2覆盖覆盖在表面上的3D体积303
6.2.3并排查看器，同步视图和对象305
6.2.4更多关于数据融合308
6.3注册地标，翘曲表面和图像309
6.3.1在两个查看器中显示数据集310
6.3.2创建地标集310
6.3.3通过刚性变换注册313
6.3.4管理两个图像卷314
6.3.5使用Tcl命令检索和复制注册转换314
6.4注册3D图像数据集317
6.4.1注册图像模块317开始
6.4.2注册图像准则322
6.4.3更多关于注册图片模块324
6.5注册不同的成像模式328
6.5.1基本手册注册328
6.5.2自动注册330
6.5.3图像融合331
6.6二维图像堆栈333的对齐
6.6.1基本手动对齐334
6.6.2自动对齐335
6.6.3通过地标对准336
6.6.4优化最小二乘质量函数338
6.6.5将输入数据重新采样到结果339中
6.6.62D对齐准则，更多关于对齐切片339的内容
6.7使用FIB堆栈向导342对FIB / SEM图像堆叠进行对准和预处理
6.7.1图像导入，体素大小和缩短校正344
6.7.2几何校正概述347
6.7.3开始使用FIB堆栈向导347
6.7.4使用遮罩选择要对齐的内容355
6.7.5 FIB堆栈的进一步处理356
6.8 3D表面的注册357
6.8.1开始使用“对齐曲面”模块357
6.8.2Align Surfaces指南360
6.8.3表面子集363的对齐
6.8.4测量和可视化表面距离365
7Animations和电影369
7.1创建动画369
7.1.1创建项目370
7.1.2动画Ortho切片模块370
7.1.3激活查看器窗口中的模块374
7.1.4使用相机旋转375
7.1.5删除一个或多个事件376
7.1.6用外表面376覆盖内表面
7.1.7使用剪裁逐渐添加外表面376
7.1.8更多有关裁剪的评论379
7.1.9破解和功能键380
7.1.10循环和转到381
7.1.11存储和回放动画序列383
7.2创建电影文件383
7.2.1将Movie Maker附加到相机路径384
7.2.2从动画演示386创建电影
8用户界面组件，一般概念，启动389
8.1用户界面组件389
8.1.1文件菜单389
8.1.2编辑菜单393
8.1.3项目菜单395
8.1.4查看菜单397
8.1.5窗口菜单400
8.1.6帮助菜单401
8.1.7标准工具栏402
8.1.8工作室工具栏403
8.1.9项目视图403
8.1.10属性区域409
8.1.11进度条412
8.1.12查看器窗口412
8.1.13控制台窗口419
8.1.14在线帮助420
8.1.15文件对话框423
8.1.16作业对话框423
8.1.17优先对话框426
8.1.18快照对话框435
8.1.19系统信息对话框437
8.1.20对象弹出式菜单437
8.1.21创建对象弹出菜单444
8.2一般概念445
8.2.1类结构445
8.2.2标量场和矢量场446
8.2.3坐标和网格447
8.2.4地表数据448
8.2.5Vertex Set 448
8.2.6Transformations 449
8.2.7数据参数449
8.2.8Shadowing 450
8.2.9阿米拉451单位
8.2.10 Amira 458中的自动显示
8.2.11工作室概念461
9Automating，自定义，扩展463
9.1模板项目463
9.1.1模板项目描述463
9.2Amira启动465
9.2.1命令行选项466
9.2.2环境变量467
9.2.3用户定义的启动脚本469
9.3Scripting 470
9.3.1脚本简介470
9.3.2介绍Tcl 470
9.3.3Amira脚本接口477
9.3.4全局命令479
9.3.5Amira脚本文件493
9.3.6配置弹出菜单494
9.3.7注册选择回调496
9.3.8 Tcl 498中的文件阅读器
9.4使用MATLAB和Amira 498
9.4.1使用MATLAB脚本499
Amira XNeuro扩展用户指南501
10Overview 503
10.1示例图片503
11转换到Talairach坐标507
11.1转换为Talairach坐标教程507
11.1.1加载和可视化数据508
11.1.2标记前连合和后连合和上位的位置
中矢图平面509的一部分
11.1.3验证和移动地标510
11.1.4转换成Talairach坐标511
11.1.5应用转换和重采样数据511
12Brain映射513
12.1脑对脑图映射教程513
12.1.1下载参考脑数据514
12.1.2加载和可视化数据514
12.1.3多平面查看器514中的手动注册
12.1.4创建一个大脑面具516
12.1.5提取只有大脑的图像519
12.1.6仅脑图像的自动仿射登记520
12.1.7将患者数据集重新格式化为参考脑的尺寸。 。 。 520
12.1.8将患者标签重新格式化为参考脑522的尺寸
13扩散张量成像523
13.1数据预处理教程523
13.1.1自动注册和平均524
13.1.2常用文件格式524
13.1.3使用MPR查看器注册525
13.1.4平均多个图像以减少噪音527
13.1.5解剖数据解析527
13.2扩散张量教程528
13.2.1载入图像数据528
13.2.2传感器计算529
13.2.3传感器可视化530
13.3纤维跟踪教程533
13.3.1执行光纤跟踪534
13.3.2将纤维分离成纤维束536
13.3.3从线集536创建标签图像
14Brain灌注539
14.1脑灌注539
14.2脑灌注教程540
14.2.1加载灌注时间序列540
14.2.2创建一个面具541
14.2.3提取动脉和静脉输出功能
Amira XPand Extension用户指南547
15Amira XP和Extension 549
15.1介绍Amira XP和Extension 550
15.1.1 Amira XP和Extension 550的概述
15.1.2系统要求552
15.1.3 Amira文件树的结构552
15.1.4快速入门教程554
15.1.5编译和调试556
15.1.6维护现有的代码558
15.2开发向导559
15.2.1启动开发向导560
15.2.2设置本地Amira目录561
15.2.3增加一个新包562
15.2.4添加新组件563
15.2.5添加普通模块563
15.2.6添加计算模块564
15.2.7添加读取例程564
15.2.8添加写例程565
15.2.9创建构建系统文件566
15.2.10包文件语法567
15.3文件I / O 570
15.3.1在文件格式570
15.3.2读取例程570
15.3.3编写例程579
15.3.4使用AmiraMesh API以Amira数据格式584读取和写入文件
15.4书写模块588
15.4.1A计算模块588
15.4.2A显示模块601
15.4.3A具有绘图输出的模块609
15.4.4A GPU 614上的计算模块
15.5数据类632
15.5.1Introduction 633
15.5.2常规网格数据636
15.5.3非结构化四面体数据642
15.5.4非结构六面体数据644
15.5.5与数据类相关的其他问题646
15.6 Amira XP和Extension 650中的模块文档
15.6.1文档文件650
15.6.2产生文件652
15.7Miscellaneous 652
15.7.1时间相关数据和动画652
15.7.2重要全局对象655
15.7.3保存项目问题656
15.7.4Troubleshooting 658
Amira XMolecular Extension用户指南661
16Amira X分子扩展引言663
16.1分子可视化在Amira 663中的第一步
16.1.1分子可视化入门664
16.1.2选择，标记和掩蔽666
16.1.3分子排列674
16.1.4分子表面677
16.1.5顺序和结构对齐680
16.1.6分子的编辑681
16.1.7分子接口683
16.1.8Measurement 685
16.2分子数据结构688
16.2.1分子的内部结构688
16.3显示分子688
16.3.1着色分子688
16.3.2选择和过滤原子690
16.4排列分子692
16.4.1轨迹对齐692
平均距离对齐693
16.4.3序列对齐694
分子轨迹和亚稳态构象的可视化694
16.6Aomom表达式694
16.6.1Overview 694
16.6.2Grammar 695
16.6.3Literals 695
16.6.4Operators 696
16.6.5数据说明符696
16.6.6Shortcuts 697
16.6.7进一步的实施例698
参考文献：Amira用户指南