前言
由于项目管理需要，欲在服务器上搭建一个敏捷开发工具JIRA服务，这里我选择的是解压版的JIRA
发文前最新版本：atlassian-jira-software-7.12.1.tar.gz 内置Tomcat
问题描述
配置完成后（端口默认8080，建议修改下端口号，方法与修改Tomcat端口类似，修改解压目录下/conf/server.xml文件）
第一次启动是成功的。今天发生错误，需要重启JIRA的时候，发现输入./stop-jira.sh时，它却把服务器上的一个Tomcat给停止掉了，而JIRA服务本身没有影响。
猜想，解压版的JIRA是内置Tomcat的，会不会是两个Tomcat发生冲突了呢？
解决办法
于是，对JIRA的相关文件进行修改，添加环境变量
具体如下：
JIRA内置Tomcat服务的相关文件修改
- 修改pid配置路径（默认会和Tomcat冲突）
cd到JIRA解压的bin目录下，找到setenv.sh文件，vim编辑
将这里面的CATALINA_BASE和CATALINA_HOME改成CATALINA2_BASE和CATALINA2_HOME
博主的服务器是已经装了两个Tomcat所以后面加的数字改成了3，这个不影响，只要和后面统一就可以。这里推荐大家可以使用相关工具进行批量修改，以免遗漏。
- 修改catalina.sh脚本
同样cd到JIRA解压的bin目录下，找到catalina.sh文件，vim编辑
和上步操作类似，将这里面的CATALINA_BASE和CATALINA_HOME改成CATALINA2_BASE和CATALINA2_HOME
- 环境变量配置
输入命令：
vim /etc/profile修改之前：JAVA，Tomcat的环境变量配置（本机装了两个Tomcat服务）
###JAVA ###
export JAVA_HOME=/usr/local/jdk1.8.0_181
export JRE_HOME=/usr/local/jdk1.8.0_181/jre
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/jre/lib/tools.jar:$JRE_HOME/lib:$CLASSPATH
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin:$PATH
###Tomcat 8.5###
export CATALINA_HOME=/usr/local/tomcat8.5
export CATALINA_BASE=/usr/local/tomcat8.5
export PATH=$PATH:$CATALINA_BASE/bin:$PATH
###Tomcat 9.0###
export CATALINA2_HOME=/usr/local/tomcat9.0
export CATALINA2_BASE=/usr/local/tomcat9.0
export PATH=$PATH:$CATALINA2_BASE/bin:$PATH修改之后：新增JIRA的环境变量配置，这里的CATALINA3_HOME和CATALINA3_BASE的值为JIRA的解压根目录，与上文对应，你们在操作的时候应该为CATALINA2_HOME和CATALINA2_BASE
###JAVA ###
export JAVA_HOME=/usr/local/jdk1.8.0_181
export JRE_HOME=/usr/local/jdk1.8.0_181/jre
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/jre/lib/tools.jar:$JRE_HOME/lib:$CLASSPATH
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin:$PATH
###Tomcat 8.5###
export CATALINA_HOME=/usr/local/tomcat8.5
export CATALINA_BASE=/usr/local/tomcat8.5
export PATH=$PATH:$CATALINA_BASE/bin:$PATH
###Tomcat 9.0###
export CATALINA2_HOME=/usr/local/tomcat9.0
export CATALINA2_BASE=/usr/local/tomcat9.0
export PATH=$PATH:$CATALINA2_BASE/bin:$PATH
###Jira 7.12.1###
export CATALINA3_HOME=/usr/local/atlassian-jira-software-7.12.1-standalone
export CATALINA3_BASE=/usr/local/atlassian-jira-software-7.12.1-standalone
export PATH=$PATH:$CATALINA3_BASE/bin:$PATH保存，输入命令：source /etc/profile 更新环境变量配置
如此设置完成后，JIRA和Tomcat的冲突解决，JIRA能够正常关闭和启动了。
总结
由于博主有配置多个Tomcat的经验，所以在发生冲突时，第一反应便是去修改JIRA内置Tomcat的catalina.sh文件，但是修改之后发现问题并未解决，虽然启动脚本可以定位正确，但是PID却还是使用的Tomcat8.5的PID，于是顺藤摸瓜，去修改了setenv.sh文件里的CATALINA_BASE和CATALINA_HOME的配置。
每个Tomcat在启动的时候会在work目录下生成一个catalina.pid文件
同样JIRA属于内置Tomcat，也会有这个目录
修改了setenv.sh文件之后，才解决了进程冲突的问题。