FSL的python和R语言接口

版权声明：本文为博主原创文章，未经博主允许不得转载。 https://blog.csdn.net/happyhorizion/article/details/86223839

FSL除了本身支持shell命令调用以外, 还有一些其他语言的工具包.例如 python和R. fsl的python编程库称为fslpy, 是可视化工具FSLeyes的一部分.
fslpy目前支持python 3.5, 3.6 and 3.7开发环境.

FSL的python接口: fslpy

fslpy的项目网址是: https://git.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslpy

Dependencies配置

安装FSL的python版本之前, 先要安装一些依赖工具, 主要有三种: wxPython, indexed_gzip和

• wxPython : 跨平台的python GUI工具
  项目网址:
  pip安装:pip install -f https://extras.wxpython.org/wxPython4/extras/linux/gtk2/ubuntu-16.04/ wxpython

• indexed_gzip : 是一个读取NiFTI文件的工具.

项目网址: https://github.com/pauldmccarthy/indexed_gzip
pip安装: pip install indexed_gzip
conda-forge安装: conda install -c conda-forge indexed_gzip

• trimesh/rtree : 网格化工具
  项目网址:
  安装: pip install trimesh

fslpy 安装

安装命令很简单, 如果是Anaconda版的python:

conda install -c donda-forge fslpy

或者pip命令安装

pip install fslpy

安装帮助文档

fslpy的帮助文档需要sphinx工具生成, 安装时, 首先在fslpy的项目页面下载项目源文件, 解压后从shell终端进入该文件夹, 输入:

pip install -r requirements-dev.txt
python setup.py doc

运行完毕后文件夹中会出现doc/html文件夹, 用浏览器打开帮助文档:
firefox ./doc/html/index.html

测试

安装是否成功测试: python setup.py test
执行完成后会生成 report.html, 其他的测试文件会保存在. htmlcov/

FSL的R语言接口

fsl R接口: https://www.rdocumentation.org/packages/fslr/versions/2.22.0

备注

conda-forge安装时如果遇到permission的问题可以参考:
https://blog.csdn.net/jmzlzl/article/details/79464670
关键就是: sudo chown -R marley:marley /home/marley/anaconda3
marley是自己的用户名，输入之后，敲击回车，问题就解决了.