1 医疗大数据平台建设存在缺陷
大数据环境下，医疗大数据平台建设存在的缺陷主要表现在以下两个方面。一是缺乏规划。我国尚未出台医疗大数据平台建设的相关政策，没有形成战略层面的宏观规划、产业层面的中观规划和企业层面的微观规划相互配合的系统性规划。二是发展不足。由于大数据背景下医院大数据平台建设需要多种技术配合，但这些技术水平参差不齐，还不能满足系统集成的要求。
2 信息安全意识淡薄，权限规范不合理
在信息使用权限方面，医院大数据的信息安全领域并没有明确的法律规定，这就造成医疗大数据信息安全防火墙缺失，构成了信息安全隐患。医疗大数据的有关信息，也在一定程度上涉及个人隐私问题，因此必须对个人数据安全给予高度重视，但是部分医院在推进医疗大数据建设的过程中，并没有全面认识到建立隐私保护、知识产权、数据信息安全等方面的医疗大数据法律与技术保障体系的重要性。因此，医院不仅需要加强对隐私保护立法的认识，为个人医疗信息的保密提供法律保障，还需要在居民健康信息管理过程中，明确信息使用权限。
医疗数据安全技术保障领域，部分医院的医疗大数据的安全和个人医疗数据的隐私保护同样需要加强建设。关于系统保护方面，部分医院在这方面的系统保护做得还不够。就目前来看，对于个人信息的管控还不是非常严格，“脱敏”“去标识化”处理不足，容易对个人隐私产生影响。此外，安全信息通报制度还未建立，且“互联网+健康医疗”服务安全工作机制还没有完全建立起来，从而导致风险隐患化解和应对工作措施不够系统规范。
3 医疗信息人才缺少专业培训
医疗大数据建设是一项具体的庞大工程，在这项工程建设中，许多专业性较强的事务需要大量的专业性人才来完成。当前，大部分医院严重缺少医疗信息人才，更缺少高素质的复合型信息技术人才，这严重制约医疗大数据建设。由于医疗大数据建设中的技术工作对人员要求较高，一般技术人员难以胜任，导致医院内高水平的信息技术人员数量不足。
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