简单来讲，CANopen是EtherCAT在应用层使用的Mailbox protocols中的一种。
要搞清楚EtherCAT和CANopen的关系，先要了解EtherCAT的一些基础知识。EtherCAT设计时仅 显式使用了OSI 7层模型中的三层，即应用层，数据链路层和物理层，见下图：
EtherCAT主要实现了数据链路层，在物理层可以使用标准以太网芯片，Intel和Realtek两家主流的 芯片基本都可以支持。
根据ETG官网2016.3.04更新的《EtherCAT Communication Principles》，EtherCAT在应用层支 持的Mailbox protocols共有5中，见下图：
CoE主要用于伺服系统通信，使用标准的CiA402规约，用户在使用EtherCAT接口的伺服驱动时， 基本上用的也都是CANopen的东西，如下图所示：
因为市面上几乎所有品牌的伺服驱动器都支持CANopen总线，所以之前的用户从CANopen迁移到 EtherCAT会非常的简单，在应用层编程时，所用到的PDO/SDO的概念和使用方法与CANopen基 本保持一致，学习成本低。再加上近些年EtherCAT的推广做的比价好，因此以前支持CANopen的 驱动器慢慢都开始支持EtherCAT，选择面比较广。
EtherCAT主站有很多成熟方案可以选择，软硬都有，一般不需要自己开发。从站直接从Beckhoff 购买ESC芯片，做二次开发，有完善的技术支持，硬件实力较强的话应该问题也不大。 EtherCAT的官方网站为EtherCAT Technology Group，注册为ETG会员后，可以下载到非常全面 细致的技术文档。
EtherCAT为以太网现场总线，且仅提供数据链路层和物理层的实现。通信需定制的ASIC芯片。因为为Beckhoff公司的私有技术，如想在类似FPGA方面实现，需要另外支出一定费用购买IP core。在简单的场合，使用EtherCAT能较快的搭建工业以太网，但在数据量较多，数据类型复杂的场合，需要自己构建所需应用层。
题主所提到的CANopen为应用层的实现。
目前现成的集成好CANopen的工业以太网的高速实时总线为POWERLINK。源代码均开源，且在中国能得到定制化开发。
抛砖引玉一下，EtherCAT仅显示使用OSI 7层中的应用层、数据链路层和物理层，EtherCAT是一个数据链路层协议，而CANOpen是应用层协议。EtherCAT总线的实现方式,常用的是COE和SOE两种，还有FOE等等，目前市面上常见的是COE(CANOpen Over EtherCAT)。………………
一句话：CANopen是EtherCAT的一种应用