Internet普及之前，EDI的传输协议主要是FTP，在VAN(增值网)上进行传输，Internet普及之后，企业更倾向于在Internet上进行传输，因为其费用低廉，但相应的需要新的传输协议以保证报文传输的安全性，于是就出现了FTPS，AS2，OFTP2等传输协议。
简介：FTP协议基于TCP/IP协议，最早使用于文件共享，采用的是client/server架构。
优点：易于实现；成本低，如果在公网中进行传输，server端需要一个固定IP，以供client端进行连接，而对于client端无特别要求。
缺点：（1）安全性差，server端通过用户认证（user/password）模式控制用户对某文件或文件夹下的访问权限，而没有对数据进行加密，也没有对信息流进行加密，一旦第三方截获数据流就可以获得数据信息；（2）交互性差，当client上传数据后，没有任何来自server端的反馈以证明server端已经成功接收到文件，因此client端并不知道数据是否已经“真”的上传到server端；当server要向某client发送文件时，server只能将文件放到相应目录下等待client来取，并且没有任何反馈以证实client已经成功获取到文件
简介：FTPS是一种以扩展常用的文件传输协议（FTP）的添加了对传输层安全性（TLS）和安全套接字层 （SSL）的加密协议的支持。
优点：易于实现；成本低，如果在公网中进行传输，server端需要一个固定IP，以供client端进行连接，而对于client端无特别要求；安全性好。
缺点：交互性差，当client上传数据后，没有任何来自server端的反馈以证明server端已经成功接收到文件，因此client端并不知道数据是否已经“真”的上传到server端；当server要向某client发送文件时，server只能将文件放到相应目录下等待client来取，并且没有任何反馈以证实client已经成功获取到文件。
简介：AS2是基于HTTP协议和SMIME协议。AS2的开发是为了能在公网(Internet)上安全的传输数据，但一般用于传输EDI报文。美洲国家公司较多使用AS2协议进行EDI报文的传输。
AS2有以下特点：
1.使用HTTP协议和HTTPS协议传输文件。
2.可以对Message进行签名认证，但不是必须的。
3.可以对Message进行加密，但不是必须的。
4.可以要求接收方发送MDN(信息发送通知，用于告知发送方已成功接收文件，并返回接收文件的相关信息用于确认)，但不是必须的。
5.如果发送方要求接收方发送MDN：a)如果接收方成功解密文件，并成功认证了文件签名，将会返回”success” MDN告知发送方已成功接收文件。b)如果接收方解密(认证)失败或是接收文件失败，将会返回”failed” MDN告知发送方接收文件失败。
6.可以要求接收方对MDN进行签名，但不是必须的。
7.多种MDN返回方式：a)同步方式，要求接收方在同一个HTTP连接中返回相应的MDN，该方式不能进行大文件(5M+)传输。b)异步方式，允许接收方稍后使用另一个HTTP协议连接发送MDN，该方式用于传输大文件。c)通过Email返回MDN。