GenSLM 项目使用教程

GenSLM 项目使用教程

genslm GenSLMs: Genome-scale language models reveal SARS-CoV-2 evolutionary dynamics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ge/genslm

1. 项目目录结构及介绍

GenSLM 项目的目录结构如下：

genslm/
├── docs/
├── examples/
├── genslm/
│   ├── __init__.py
│   ├── model.py
│   ├── dataset.py
│   └── ...
├── requirements/
├── tests/
├── .gitattributes
├── .gitignore
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE.md
├── MANIFEST.in
├── Makefile
├── README.md
├── setup.cfg
└── setup.py

目录结构介绍

• docs/: 存放项目的文档文件。
• examples/: 存放项目的示例代码。
• genslm/: 项目的主要代码目录，包含模型、数据集等相关代码。
  • init.py: 初始化文件，使 genslm 成为一个 Python 包。
  • model.py: 定义了 GenSLM 模型的核心代码。
  • dataset.py: 定义了数据集的处理代码。
• requirements/: 存放项目的依赖文件。
• tests/: 存放项目的测试代码。
• .gitattributes: Git 属性配置文件。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• CODE_OF_CONDUCT.md: 项目的行为准则。
• CONTRIBUTING.md: 贡献指南。
• LICENSE.md: 项目的许可证文件。
• MANIFEST.in: 打包配置文件。
• Makefile: 项目的 Makefile 文件，用于自动化构建。
• README.md: 项目的介绍文档。
• setup.cfg: 项目的配置文件。
• setup.py: 项目的安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

GenSLM 项目的启动文件主要是 setup.py 和 Makefile。

setup.py

setup.py 是 Python 项目的标准安装脚本，用于定义项目的元数据和依赖项。通过运行 python setup.py install，可以将项目安装到本地环境中。

Makefile

Makefile 是一个自动化构建工具，用于简化项目的编译、测试和部署过程。通过运行 make 命令，可以执行 Makefile 中定义的任务。

3. 项目的配置文件介绍

GenSLM 项目的主要配置文件是 setup.cfg 和 config.yaml。

setup.cfg

setup.cfg 是 Python 项目的配置文件，用于定义项目的各种配置选项，如包的元数据、测试配置等。

config.yaml

config.yaml 是项目的运行时配置文件，用于定义模型的参数、数据路径等。在使用项目时，可以通过修改 config.yaml 文件来调整模型的行为。

总结

通过本教程，您应该对 GenSLM 项目的目录结构、启动文件和配置文件有了基本的了解。接下来，您可以根据项目的官方文档和示例代码，进一步探索和使用 GenSLM 项目。

genslm GenSLMs: Genome-scale language models reveal SARS-CoV-2 evolutionary dynamics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ge/genslm